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各地药审部门近年要求提高疫苗的安全性，以降低副作用，纷纷强制改进病毒疫苗的生产和纯化方法。例如，流感病毒疫苗的生产正开始用VERO细胞取代鸡胚培养。纯化方法已放弃蔗糖密度梯度离心这类传统方法，而走向自动化程度更高、更易于在位清洗的超滤和液相层析技术。以下的人流感病毒疫苗纯化，是一种通用的病毒疫苗纯化策略。