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北京联合大学“十二五”时期发展规划明确提出“以学科建设为龙头”，推动学科全面发展的指导思想，首先从学科本体角度阐述了学科和学科体系，对比我国学科发展过程，梳理了北京联合大学学科建设的发展历程，找出了差距，从学科和学科建设与发展方法论的角度，归纳了学科建设的质量观和效益观，提出提高学科建设质量的“整体涌现性”和“多样性”原则，分析了学校学科建设的机遇与挑战，提出学校在“十二五”期间的学科与科研建设的发展目标和措施。