目的 探讨深圳市2005-2007年季节性流行性感冒(简称流感)流行病学特征和甲3亚型流感病毒可能的分子变异.方法 对深圳市2005-2007年流感监测网络(由9所医院、6个区和市疾病预防控制中心共16个主要机构组成)的运行质量进行控制,按周统计分析主要监测医院流感样病例占就诊者的百分比(ILI百分比),并采集流感样病例鼻咽拭子进行流感病毒分离鉴定,对分离到的毒株提取病毒RNA,用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增血凝素基因重链区(HAI区)基因片段,产物纯化后测序并进行核苷酸相似性、基因进化树和氨基酸变异分析.结果 深圳市2005-2007年流感活动水平在各年间有所波动,呈现夏季高峰,2006和2007年5-7月为流行高峰期.2005-2007年流感病毒的分离率分别为4.78%(114/2385)、5.77%(212/3674)和12.12%(343/2831),分离毒株数多少与ILI百分比的季节波动相关,按周分离率与ILI百分比的变化趋势基本一致.2005和2006年甲3亚型所占比例分别为25.46%(28/114)和2.83%(6/212),而2007年成为优势毒株,占62.68%(215/343).甲3亚型病毒HA1区序列进化树分析发现,虽然进化树的主干基本按照毒株分离的时间先后发展,与不同年度WHO推荐的疫苗株先后一致,但2005-2007年的主要流感毒株共分为5个分支,2005-2006年毒株在第Ⅰ～Ⅲ分支,2007年4-6月和5-12月形成2个分支,与同期WHO推荐的疫苗株不在一个进化分支,深圳甲3亚型流感病毒的变化较早,出现疫苗株滞后现象.所有毒株未见HA1区序列缺失和插入,受体结合位点和二硫键位点氨基酸也显保守,一些位点出现了不同属性氨基酸的置换,并导致个别潜在的糖基化位点的丢失或增加,但尚不能判定为新变种.结论 深圳市可能属于我国流感病毒变异较早的地区之一,甲3亚型流感病毒在人群中呈活跃状态;常规季节性流感监测与病毒分子变异分析结合,能为毒株的演变及其流行病学意义提供及时、重要的信息。