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目的:探索利用医联体契机，提升区县级医院科技创新能力的主要措施及运行机制，以达到精准扶贫。方法:实践探索与实证研究提升区县级医院科技创新能力的主要措施及运行机制，前后对比分析其成效。结果:某区级综合医院在医联体建设中，推进学科建设的运行机制前后3年，科技创新多项成果指标对比均有明显增长，增长幅度为66.67%～700%。结论:基于医联体以学科建设为抓手，以重点学科创建为目标，并结合科技创新孵化平台、激励机制与定期总结评估的运行机制，可促进区县级医院提升科技创新能力。