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小RNAs（长度小于40nt）是nc—RNAs重要的一部分，现在植物中已发现了多种小RNAs，如小干扰RNAs（siR—NAs）、微小RNAs（miRNAs）、反式作用的小干扰RNAs、天然反义转录小干扰RNAs、异染色质小干扰RNAs、长小片段小干扰RNAs、天然反义转录的微小RNAs及其一些未命名的小RNAs。成熟的小RNAs聚集相关的蛋白质因子，可以抑制转录，导致转录水平的基因沉默（TGS）；或介导目标mRNA的剪切，抑制翻译，导致转录后水平基因沉默（PTGS）。就这些植物小RNAs产生及其作用的研