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大麦浸水时激活了休眠的微生物：霉菌孢子发芽、菌丝体生长，酵母和细菌繁殖。实验室中的制麦研究发现，在浸麦过程中细菌数量增长了5～36倍，酵母数量在病害大麦中增长了1．1倍，在正常大麦中增长了5倍，而在芬兰大麦中增长了200倍。在商业化制麦中，Douglas发现：当在第一次浸水结束进行断水时，谷粒上细菌数量比第一次浸水时增加了4～25倍，而到发芽床箱中增加了35～150倍。然而在同一麦芽厂的不同年份，第一次浸水期间，谷粒上活的异养细菌实际上有所下降，但是在第二次浸水结束时增长了近4倍。在第一次浸水时，大麦上的