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在生物信息学中,录因子结合位点与转录因子相互作用调控基因的转录过程。对转录因子结合位点的识别,是生物信息学的核心问题之一,简称为模体识别。如何高效完成模体识别对理解调控转录机制,建立调控转录模式有着重要的意义。本文重点描述了对转录因子结合位点识别研究的历程、近年来业界普遍采用的三类模体识别的研究方法、以及对其中各类具有典型特种的多种主流模体识别算法做出分析,初步形成整体脉络,并对下一代转录因子结合位点识别问题提出了观点。