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利用11对SSR分子标记对长柄扁桃10个野生群体遗传多样性和遗传结构进行分析，11对SSR引物共检测到157个等位基因(Na)，各位点平均等位基因数(Na)和多态性信息含量(PIC)分别为14.27和0.50；物种水平上的Shannon’s信息指数(I)和期望杂合度(He)分别为1.48和0.49。群体水平上的等位基因(Na)、有效等位基因(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho)分别为4.39、2.29、0.92、0.37和0.47；其中内蒙古喇嘛洞群体遗传多样性最丰富，而内蒙古湿壕乡群体遗传多样性最低。分子方差分析(AMOVA)显示长柄扁桃大部分遗传变异来自群体内(93%)，群体间的遗传变异只占(7%)。长柄扁桃群体遗传距离为0.03~0.35，平均为0.11；遗传相似度为0.72~0.96，平均为0.89；遗传相似度的聚类分析将供试10个群体划分为4组。研究结果表明，中国长柄扁桃资源具有丰富的遗传多样性，群体遗传分化程度适中，为长柄扁桃资源的合理保护与利用提供了科学依据。