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本文针对自主创新企业中新产品合作研发的利润分配问题，建立了考虑补贴激励的纵向合作研发利润分配的演化博弈模型，利用基于多代理人的模拟仿真方法分析了自主创新企业合作研发中企业平均收益的影响因素。分析结果表明，存在能够使合作企业双方都保持较高收益和合作率的最优补贴系数。最优补贴系数随着企业边际收益比的增大而增加并最终趋于稳定，被补贴企业的成本投入对市场需求的影响力越大则最优补贴系数将越高。