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南水北调工程的运行不仅有效缓解了京津冀水资源短缺的局面，而且极大改善了沿线河湖的生态环境，生物多样性恢复明显。作为中线调水工程的陕南三市为保证供水的Ⅱ类水质，关停了大量企业，实施了生态移民和生态环境修复工程。根据“谁受益，谁补偿”的生态补偿基本原则，当前南水北调中线工程的生态补偿机制初步建立，但是补偿主体不明、补偿范围不确定、补偿方式单一化以及补偿标准的依据模糊，导致作为南水北调中线工程主要水源地的陕南三市政府、企业和居民等并未获得与其贡献相当的补偿。明确生态补偿关系的主体及其权利义务（生态补偿的范围）、建立生态利益的科学评估方式，在此基础上，建立生态补偿机制的法律保障是公平合理解决当前南水北调生态补偿问题的有效路径。