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来源于花椰菜花叶病毒(Cauliflower mosaic virus)的CaMV35S启动子是目前商业化转基因作物中最常用的启动子,对其甲基化水平的测定是研究转基因沉默的重要内容之一。本研究通过甲基化敏感内切酶HpyCH4Ⅳ酶切和实时荧光定量PCR扩增技术,建立了CaMV35S启动子甲基化水平的快速测定方法。利用建立的方法分析了我国安徽省2017年市场的棉花(Gossypium hirsutum)种子,发现部分种子中CaMV35S启动子甲基化处于较高水平。本研究为实现转基因材料中CaMV35S启动子甲基化的快速高通量筛查提供了检测方法。基于相同的原理也可以建立其他转基因元件和DNA序列甲基化水平的快速检测方法。