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一种SMP机群下程序并行化模式的设计与应用
一种SMP机群下程序并行化模式的设计与应用
来源 :微电子学与计算机 | 被引量 : 0次 | 上传用户:gg42201
【摘 要】
:
基于SMP机群并行编程环境下,提出了一种MPI+Pthread的程序并行化模式.使用这种并行模式实现了对生物DNA序列拼接程序Phrap的并行化.具体分析了Phrap程序的实现流程,对每一流
【作 者】
:
刘玮
【机 构】
:
中国科学院计算技术研究所软件研究室,中国科学院研究生院
【出 处】
:
微电子学与计算机
【发表日期】
:
2005年11期
【关键词】
:
程序并行
机群
MPI
Pthread
序列拼接
Program parallelization
Cluster
MPI
Pthread
Sequenc
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基于SMP机群并行编程环境下,提出了一种MPI+Pthread的程序并行化模式.使用这种并行模式实现了对生物DNA序列拼接程序Phrap的并行化.具体分析了Phrap程序的实现流程,对每一流程针对性的提出并行化方案.并且在曙光3000高性能计算机上得到了实现,获得了较好的性能.
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