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草鱼雌性个体生长优势明显高于雄性，挖掘精巢和卵巢差异表达的功能基因，对草鱼生殖调控具有重要的价值及应用前景。采用Illumina HiSep 2500转录组测序技术分别对12月龄的3尾雌性草鱼和3尾雄性草鱼的性腺组织的mRNA进行测序分析，精巢和卵巢共得到8 363个差异表达基因。与卵巢相比，精巢上调基因6 446个(77%)，下调基因1 917个(23%)，差异明显。将上述差异基因在Nr、GO和KEGG数据库进行比对，获得48个Go功能注释分类和313条KEGG代谢通路。分析发现，Go功能分类中“绑定”功能富集差异基因的数量最多，占总数的15.8%；KEGG代谢通路中“信号转导”通路富集差异基因的数量最多，占总数的10.2%。结合转录本数据，挑选与草鱼性腺发育相关的关键差异基因Dmrt1、amh、foxl2、cyp19a1a进行分析，研究显示，与卵巢相比，Dmrt1和amh基因在草鱼精巢中极显著高表达(p＜0.01)；与精巢相比，cyp19a1a和foxl2基因在草鱼卵巢中显著高表达(p＜0.05)，与转录组数据分析结论一致，说明Dmrt1和amh基因与早期草鱼精巢发育调控相关，cyp19a1a和foxl2基因与早期草鱼卵巢发育调控相关。本实验为进一步了解草鱼性别基因的调控机理，初步探讨上述基因在血、鳃、肌肉、肝、脾、肠、心、肾及脑9个组织中的表达分布情况，研究显示，Dmrt1基因在各组织中均有表达；foxl2基因在雌性鳃和脑中表达量均高于雄性，在其它组织中表达水平极低或不表达；而cyp19a1a和amh基因在各组织中表达水平极低或不表达。