【摘 要】
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【目的】评估植物群体遗传进化研究涉及的相关算法软件,为该研究领域提供方法选择参考。【方法】利用重测序数据,就群体遗传进化研究的各种算法做比较,对相关算法分析效果做
【基金项目】
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2015人才培养质量提高项目(就业与创业)“研究生创新科研项目”(5056516002/016);北京市属高等学校创新团队建设与教师职业发展计划项目(IDHT20140509)
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【目的】评估植物群体遗传进化研究涉及的相关算法软件,为该研究领域提供方法选择参考。【方法】利用重测序数据,就群体遗传进化研究的各种算法做比较,对相关算法分析效果做对比评估。【结果】评估结果表明,进化树耗时和数据大小、模型选择均有较大关系,两者共同决定运算时间,另外运算效果还和多序列的比对效果有很大关系。群体结构分析fast Structure、Admixture软件运算速率、准确度较Structure软件有明显提高。主成分分析耗时相对较少,可用Cluster和R软件实现,两款软件的计算结果可相互验证;连锁
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