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大学跨学科建设的组织化和规模化已经成为创建世界一流大学和世界一流学科的重要战略。一些大学跨学科研究计划在实施以来正面临着失败的风险,如何认识并管控大学跨学科合作风险已经成为重要的时代命题。基于大学跨学科合作网络的界面波动的视角,综合分析了知识性风险、组织性风险和网络性风险以及三者之间的相互作用机制,揭示了大学跨学科合作风险的系统传导机理,进而针对大学跨学科建设实际情况提出了在研究计划与启动对策、跨合作发展与推广对策、合作完善与转型对策、合作调整与转向对策等方面的建议。