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在国家有关加快科技体制改革、改进与加强科研项目和资金管理等的要求背景下，针对目前高校科研经费管理中内部审计工作存在的主要问题，本文提出了健全审计制度、创新审计方法、拓展审计功能、培养审计团队、研发网络平台科研审计管理系统等改进意见，并对科研经费全过程跟踪审计的步骤和实施重点进行了具体分析阐述。最后，指出工作中应注意保持审计独立性、加强审计内部控制、突出重点、完善后续审计等问题。