【摘 要】
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目的 应用第3代纳米孔基因测序技术对新型冠状病毒肺炎（简称新冠肺炎）患者进行流行病学溯源分析，为新冠肺炎疫情防控及时提供数据支持和决策依据。方法 回顾性分析江苏省扬州市2例境外输入新冠肺炎患者的临床资料、实验室检测指标和第3代纳米孔全基因组测序结果，对2例患者分别进行流行病学及基因组特征分析。结果 2例患者发病前14 d内均有境外旅居史，确诊后均严格执行闭环管理，未出现后续感染病例。2例患者临床症
【基金项目】
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海关总署科研项目（2020HK132）； 江苏省人兽共患病重点实验室开放课题（R2001,R2002）； 江苏省扬州市科技计划项目（YZ2020121,YZ2020122）；
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目的 应用第3代纳米孔基因测序技术对新型冠状病毒肺炎（简称新冠肺炎）患者进行流行病学溯源分析，为新冠肺炎疫情防控及时提供数据支持和决策依据。方法 回顾性分析江苏省扬州市2例境外输入新冠肺炎患者的临床资料、实验室检测指标和第3代纳米孔全基因组测序结果，对2例患者分别进行流行病学及基因组特征分析。结果 2例患者发病前14 d内均有境外旅居史，确诊后均严格执行闭环管理，未出现后续感染病例。2例患者临床症状轻微，核酸循环阈值（Ct值）较低，其中病例1的新型冠状病毒IgG抗体检测结果为阳性（化学发光法）。病例1、病例2标本的基因测序结果显示，基因长度分别为29 873、29 850 bp,覆盖度分别为99.85%、99.83%。基因进化树分析结果显示，2例患者感染毒株均为奥密克戎变异株，分属不同分支。病例1感染毒株为奥密克戎变异株BA. 1.1,与hCoV-19＿USA＿FLCDC-STMN2MXMA3HU＿2021同源性最高（99.95%）,病例2感染毒株为奥密克戎变异株BA2.2.3,与hCoV-19＿Finland＿THL-202205846＿2022、hCoV-19＿Japan＿PG-177427＿2022等同源性最高（100.00%）。与标准参考株相比，2例患者感染的毒株基因组S蛋白分别出现31、28个氨基酸位点突变。结论 2例新冠肺炎患者均为境外输入轻症病例，奥密克戎变异株基因序列在S蛋白受体结合区域出现多个位点改变，影响了病毒特性。闭环管理和佩戴N95口罩能有效防止奥密克戎变异株的传播。第3代纳米孔基因测序技术可用于新型冠状病毒溯源分析，在地市级疾控机构精准化防控策略的实施中具有较好的应用前景。
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