【摘 要】
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以番茄抗病品系(CLN2037E)为研究材料,应用SMART技术构建晚疫病诱导的番茄叶片cDNA表达文库,并进行生物信息学分析。成功构建的cDNA文库的克隆数为2.3×109,重组率为96%,通过
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以番茄抗病品系(CLN2037E)为研究材料,应用SMART技术构建晚疫病诱导的番茄叶片cDNA表达文库,并进行生物信息学分析。成功构建的cDNA文库的克隆数为2.3×109,重组率为96%,通过PCR检测,插入片段范围在0.1~2.0 kb之间。从文库中随机挑取110个克隆进行测序,最终得到107条差异表达ESTs序列。GenBank提交的序列号为GT742146-GT742150;GT865998-GT866099。利用BLAST进行同源性分析:75条ESTs与其他物种同源性较高,视为已知基因,功能涉及能量代谢的占42.7%、细胞内生命活动与信号传导的占10.7%、基因转录和翻译的占9.3%以及与抗性相关的占25.3%;另有32条ESTs无同源序列或同源性较低,预测是一些未知功能基因的占30%。本项研究应用SMART技术成功构建了高质量、信息丰富的晚疫病诱导的番茄叶片cDNA文库,为进一步筛选抗病相关候选基因奠定了基础。
The tomato resistance strain (CLN2037E) was used as the material to construct the late blight induced tomato leaf cDNA expression library using SMART technology and bioinformatics analysis. The number of cloned cDNA libraries was 2.3 × 109, and the recombination rate was 96%. The number of inserted fragments ranged from 0.1 to 2.0 kb by PCR. 110 clones were randomly picked from the library and sequenced, resulting in 107 differentially expressed ESTs. GenBank serial numbers are GT742146-GT742150; GT865998-GT866099. Homology analysis by BLAST: 75 ESTs have high homology with other species, which are considered as known genes, accounting for 42.7% of energy metabolism, 10.7% of intracellular life activities and signal transduction, gene transcription and Accounting for 9.3% of translation and 25.3% of those related to resistance. The other 32 ESTs had no homologous sequences or low homology, and predicted 30% of unknown genes. In this study, we successfully constructed a high-quality, informative late blight-induced tomato leaf cDNA library using SMART technology, which laid the foundation for further screening of resistance-related candidate genes.
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