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伏邪学说是温病学病因与发病理论重要组成部分，和三因致病学说不同的是：伏邪不是自然界或人体内本身存在的病因，而是因为基于温病是外感病，而且某些类型温病的发病治疗，无法用外感六淫邪气致病所解释的困境，根据《黄帝内经》《伤寒论》中的某些论述，由理论推导演绎出来的。可以说，伏邪学说是一种臆说，是后世（主要是明清）的温病学家对中医病因发病理论的创新和发展。