【摘 要】
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分子的快速对接方法是理性药物筛选的研究热点之一. AEDock是在AutoDock2.4基础上开发的分子对接软件. 为改善构象搜索功能,而采用退火进化算法代替AutoDock2.4软件中的模拟
【机 构】
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中国医学科学院中国协和医科大学药物研究所
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分子的快速对接方法是理性药物筛选的研究热点之一. AEDock是在AutoDock2.4基础上开发的分子对接软件. 为改善构象搜索功能,而采用退火进化算法代替AutoDock2.4软件中的模拟退火算法(simulated annealing algorithm, SA),因为退火进化算法(annealing evolution algorithm, AEA)综合了模拟退火算法和遗传算法(genetic algorithm, GA)的优点. 已证明AutoDock2.4可预测多达8个旋转键的柔性配体与刚性大分子的结合构象. 采用体积较大的HIV-1蛋白酶抑制剂XK263分子和其他常用分子的测试结果表明,AEDock可成功预测多达10个旋转键的柔性配体与刚性大分子的结合构象. 此外,搜索所需的结合态与SA算法相比要少,成功率却高.
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