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遗传方差组成的估算是数量遗传领域的一个重要问题。估算遗传方差组成时常常要求进行遗传配对设计。估算加性（A）、显性（D）方差组成时广泛应用的遗传配对设计有算式设计、因子配对设计以及各种类型的双列配对设计。如果采用完全双列配对设计，就能检测到母本效应和父本效应。通常采用ANOVA方法估算这些遗传方差的组成。但是采用ANOVA方法有以下的限制条件：（1）要平衡配对设计（不能漏掉任何一个杂交）；（2）需要F1杂交种；（3）遗传模型不能扩展。因此ANOVA方法在选择遗传模型和进行世代筛选时受到限制。