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T-50的内置弹舱是其有别于F-22、F-35的一大特色，包括纵列于机腹中线的2个主弹舱以及进气口与翼根交汇处的2个用于安置短程空空导弹的小弹舱【6】。与F-22与F-35的主弹舱设计较浅而仅能携带中短程空空导弹与小型精确制导炸弹不同，T-50的弹舱能携带射程达250～400千米的大型导弹。
武器舱设计与配弹量估计
庞大的内置弹舱
俄罗斯至今研制了两种通用内挂架：悬挂能力700千克的UVKU-50U（自重200千克）与悬挂能力300千克的UVKU-50L（自重100千克），通用内挂架的出现化解了以往导弹常需使用自己的挂架而造成的麻烦。近年航空展上，俄罗斯导弹厂商推出了多种采用折叠弹翼设计的大型导弹如Kh-58UShKE反辐射导弹等，早已透露出四代机内挂大型武器的意图。而这也反应出其弹舱深度至少能容纳上述大型导弹，因此部分想象图认为其仅具有携带空空导弹的深度是不正确的。
2009年底，有俄罗斯媒体指出，T-50可内挂超过2000千克的武器，外挂武器则约6000千克。2011年，印度HAL公司在官网发布FGFA（以PAK-FA为基础发展的印度版双座四代战机）诸元，其内挂武器2.25吨，外挂5.75吨。FGFA比T-50略大略重，因此两者的数据不会完全一样，只是这两者数据极为接近，因此印度的数据很有参考价值。然而，MAKS 2011期间战术导弹公司（TMC）的影片上出现了T-50内挂4枚Kh-58UShKE的画面，这相当于2600千克的内挂量。
【注6】：事实上，官方并未正式公布T-50的弹舱布局，许多资料也忽略了这两个“小鼓包”，即使注意到“小鼓包”的作者也仅保守地认为其可能是电子战舱或侧视雷达等。然而，由原型机的颜色分布可发现，“小鼓包”的前后端为金属制，侧面为与其他蒙皮一样的复合材料制造。因此作为电子战系统，其前方视野被金属遮蔽，很不合理。而作为侧视雷达，其半数视野被主翼遮蔽，也不可能。此外，照片显示“小鼓包”的复合材料部分与机身密闭程度不高，应为可开启舱门。加上在原型机公布前，已有俄罗斯媒体批露T-50在两个主弹舱外还有两个小弹舱，以及拥有1 2枚空空导弹的惊人内挂量。因此，两个“小鼓包”应为小弹舱无误。
弹舱尺寸估计
尺寸
依据照片推断，T-50的主弹舱长约4.7～4.9米，宽约1.16～1.2米。这种长度能容纳除了Kh-59系列、Kh-31、KS-172以外的所有俄制空射武器。RW-BD远程空空导弹是已确定可内挂的武器中收纳尺寸最大的，其主翼展0.7米，控制面翼展1.02米。MAKS 2011上展出的样弹只有上半部控制面采用了折叠设计，其折叠后与主翼同宽。虽然R-33E为了适应米格-31的半埋式挂架也采用了这种设计，但RVV-BD的尾舵、翼面与R-33E不同，因此不可能是借用R-33E的零件来制作样弹模型，而应是原本就这样设计。从这里可以推测T-50的弹舱内也采用了半埋式设计来节省空间，在这种情况下扣除埋进去的弹翼，所需的弹舱深度为0.55米。
不过在上述配置下，2枚并列的RVV-BD会用去1.44米的宽度，这略超过了目前估计的弹舱宽度（1.2米）。因此，有可能弹舱实际上宽度超过1.44米，也可能两枚RVV-BD稍为前后错位，避开尾舵的交会，这样主弹舱仍可挂载2枚（RVV-BD长度不到4.2米，尾舵弦长也远不及0.5米，因此前后错位后的总长度仍不会超过4.7米）。
如果假设以后RVV-BD会将所有尾舵都折叠，则其折叠翼展略大于0.7米，约是0.5×0.5米的面积，由此可见T-50的弹舱深度至少为0.5米，由机鼻尺寸与机腹的对比也可推估，弹舱深度至少达到0.5米。至此，由照片与可携带的导弹之尺寸“交叉会诊”可估计出.T-50的主弹舱尺寸约为长4.7～4.9米，宽1.16～1.2米，深度0.5～0.55米，并且具有半埋式构造。
很可能配挂Kh-35UE
另一方面，目前已知的俄制反舰导弹中.Kh-31A与Kh-31AD因为至少长4 9米，内挂可能不高，Kh-35系列则是最有希望实现内挂的反舰导弹。基本型Kh-35E内挂不存在问题，但其射程仅约130千米，将使T-50在隐身模式出击时失去俄系反舰导弹长射程的优势。不过，在莫斯科航展上公开的Kh-35UE射程激增至260千米，仅略逊于Kh-59MK.在T-50隐身性能的加持下，对敌造成的威胁自然超越苏-35BM所携带的Kh-59MK。Kh-35UE折叠弹翼后翼展约0.65米，即横向尺寸约0.46米，但其发动机略为下移，因此收纳时垂直尺寸较大，约0.55米。如果考虑T-50的弹舱应有半埋设计，那么挂载Kh-35UE需要的深度略小于RVV-BD，因此应该可以配挂。
挂载点布置
若单纯从弹舱尺寸来看，主弹舱内能并列挂载2枚翼展较大的RW-BD与KH-35E（甚至有可能是Kh-35UE）。若是折叠翼展约0.5m的导弹，则可并列约3枚。而对于R-77、Kh-58UShKE这类折叠翼展约0.4米的导弹，几乎可并列4枚。
战术导弹公司在莫斯科航展上播放的影片中，出现了T-50前后主弹舱各并列2枚Kh-58UShKE的画面，从中可观察出弹舱剩余的空间很大，宽度其实大约可以并列挂载3～4枚Kh-58UShKE，这与本文推侧的宽度（约4枚Kh-58UShKE）相符。
由于确定弹舱最多只能并列挂载2枚RVV-BD，加上影片画面显示只并列2枚Kh-58UShKE，可推测弹舱的上壁只有2个可挂重型武器的主要挂点，而不是可视弹种的不同可更换为3个。这是很合理的，因为如果要设计成可视弹种的需要而有时候并列2枚，有时候并列3枚，那么弹舱上壁就必须有5个可挂重武器的承力点，操作时又要视弹种不同而更换挂架位置，这样显然过于复杂。 笔者推测，T-50主弹舱内的2个主承力点用于挂载500千克以上的重型武器，而对于轻型武器，可能在其他地方设置有轻型挂架的位置，或是在主承力点接上多用途挂架，以增加载弹数量。
备弹数量估计
至此，T-50每个主弹舱可并列挂载2枚500千克以上的空地导弹、远程空空导弹等重型武器。以其中发射重量较大的Kh-58UShKE（650千克）计算，内挂武器重量至少不低于2600千克。至于中短程空空导弹如RVV-SD等，以T-50硕大的弹舱，如果每个弹舱只能挂2枚中距空空导弹，那显然是不符合逻辑的。
空空导弹内挂数量上限估计
0.5～0.55米左右的弹舱深度几乎足以叠放两层（即8枚）R-77，当然实际上叠放两层导弹会有难以投放与悬挂的问题，但若采用“上四下三”法配置则可解决此问题，换言之每个主弹舱可望携带7枚翼展小于R-77（约0.4米）的空空导弹，部分网络流传的线图也如此推敲。若保守一点估计，T-50也可采用“上三下二”的方式配置，则主弹舱可携带5枚上述类型的导弹。
这是仅就空间大小来考虑，可视为载弹数的理想上限值。如果弹舱内除了2个主承力点外，还有其他地方可扩充小型挂架，那么这里推侧的挂弹数量就有可能成立。
空空导弹内挂数量下限估计
2个主承力点的间距约是弹舱宽度之半，也约是2枚R-77、RVV-SD的并列宽度。因此如果在主弹舱正中间安装额外的1个挂架，便可并列挂载3枚中距空空导弹。这样一来，2个主弹舱可挂6枚中距导弹，外加小弹舱的2枚短程空空导弹，共计8枚，与F-22相同，也与许多数据吻合。这种配置最简单，不过浪费很多主弹舱空间，只能当作下限值参考。
如果使用复合挂架
假设主承力点通过复合挂架来挂载空空导弹，那么最简单的假设是每个复合挂架可挂2枚中距空空导弹，这时以1.16～1.2米的宽度勉强可以在同一水平面上并列挂载4枚R-77、RVV-SD导弹。
实际上，在同一水平面上并列挂载4枚R-77有点勉强，特别是新的RVV-SD又稍微扩大了弹翼。不过可采用以下两种方式解决：
1）2枚中距空空导弹前后错开，避开主弹翼的接触，那么便能稍微缩小横向尺寸，纵向长度则增至约4 7米，约是主弹舱长度的估计值。在这种配置下，每个弹舱同一水平面便可有4枚中距空空导弹，整架T-50加起来便有10枚内置空空导弹。事实上，目前公开的内挂弹种没有一种超过4.2米，因此4.7～4.9米长的主弹舱若不是针对不知名的新型弹种所设计，就是已经考虑到以前后错排的方式挂载空空导弹：
2）2枚中距空空导弹上下错开，此时导弹不会在同一水平面上，每个主弹舱可携带4枚中距弹：
3）如果在弹舱正中间再附加1个挂架，那么每个主弹舱便可容纳5枚中距弹，总内挂弹数便达到12枚。需注意的是，的确也有报导显示空空导弹的内挂总数为12枚。
至此，T-50的空空导弹内挂数量至少为8枚（6中2短），并且有希望增至10～12枚。在这些情况下，内置武器的总重不超过2300千克。极限是14枚，但不论就空间还是重量来说，可能性都很低。
与苏-35BM的火力比较
隐身模式的T-50
若比照苏-35BM的“攻击与空战兼备”的武器配置，T-50可携带2枚重型武器，外加2枚短程空空导弹与3～5枚中距空空导弹，总数7～9枚，仅有苏-35BM的50%～64%。因此，若单单考虑内挂武器，则T-50的火力可能逊于苏-35BM.因为苏-35BM在携带4枚重型武器的同时还带有8～10枚空战武器，而其重型武器的射程与威力也超过T-50所能内挂者。不过，T-50的隐身性能所带来的奇袭性能能够略微补偿武器射程与弹药威力的不足。
外挂武器的T-50
不过需要考虑到，由于俄罗斯拥有多种射程300千米级的远程武器，射程在敌方防区甚至探测距离之外，因此外挂这些导弹时虽然会破坏隐身性，但对生存性的影响较小，特别是T-50的生存性高低并非完全取决于隐身性能，故T-50采用外挂的可行性也比F-22与F-35高（F-22与F-35需在空优较无顾虑的情况下才能外挂武器出战）。如果考虑外挂，则以T-50的主翼尺寸观之，应可多出4个外挂点，而根据报导，外挂武器总重可达6000千克以上，这样便可挂载2枚3M-54AE以及“宝石”空舰导弹，或4枚其他任意类型的重型武器，这已与苏-35BM相同。
因此在允许外挂武器的情况下，T-50可携带4枚重型武器，外加8～12枚空战武器，此时其火力便超过苏-35BM。由于俄远程导弹200～300千米的射程几乎总是在敌方防区外，且往往具有极难反制的特点【注7】，从而使非隐身战机如苏-35BM也能在几乎不受威胁的情况下发射导弹，进而对敌方构成类似于隐身战机所带来的不对称冲击，若与具备隐身性的T-50搭配则冲击力更加强大。远程武器发射完后，T-50便成为货真价实的“空优战机”而能为后续战机提供空优掩护，如此一来整个攻击机队的生存性大为提高，还能减少攻击机队与护航机队搭配的麻烦。
【注7】：例如射程300～400千米的超远程空空导弹如果在100千米处发动攻击则敌机不但射程不足以还击且几乎无法逃逸。又例如Kh-58UShKE的最大速度为4200千米/时，已超过多数中短程防空导弹的拦截速度上限。
种类繁多的武器系统
空空导弹
T-50的空空导弹包括R-77家族中距空空导弹、RW-MD短程空空导弹、“产品760”（R-73改型）或全新的“产品300"短程空空导弹、RVV-BD远程空空导弹，以及“产品810”超远程空空导弹。
R-77（RVV-AE）与RVV-SD
现成的R-77（RVV-AE）家族有最大射程80千米的标准型与110千米的RVV-SD（R-77新改型）。 RVV-MD与“产品760”
俄罗斯至今已公布的最新型短程空空导弹是RVV-MD，为R-73家族的最新改型，其尺寸与重量与基本型几乎相同，采用抗干扰能力更好的双波段导引头，射程增至40千米。不过，其翼展达0.5米，相当于折叠后的重型武器，甚至超过R-77、RVV-SD的折叠后翼展，因此不确定小弹舱内能否携带。
T-50最可能采用的短程空空导弹是即将完成的“产品760”，其为R-73的增程改型，弹长略增至3 1米，翼展缩至0.404米，更利于内置挂载。该弹将增设类似中距空空导弹的中继数据链制导与发射后锁定功能。“产品760”的重量与尺寸皆与法制“米卡”导弹相当，因此其射程应超过RVV-MD的40千米而接近“米卡”的50～60千米。
RVV-BD远程空空导弹
RVV-BD远程空空导弹是供外销型战机使用的远程空空导弹，其外形与米格-31所用的R-33E基本相同，但配备了双推力火箭发动机，射程由120千米增至200千米，可打击高度15米～25千米的目标，目标最大过载值由R-33E的4提升至8。该弹长4.06米，弹径0.38米，主翼展0.72米，控制面翼展1.02米，折叠后与主翼大致齐平（不过展出的样弹与R-33E一样只有两个控制面采用折叠设计），弹头60千克，发射重量510千克。俄新社引述战术导弹公司（TMC）总经理暨总设计师鲍里斯·阿布诺索夫的话说“这是独一无二的200千米射程的导弹，这样的东西我不知道还谁有，欧洲人没有，美国人也没有。”他并表示，该导弹于2011年进入了试生产阶段，2012年实现量产。
至此，T-50初始阶段的空战武器将有射程40千米以上的短程空空导弹、射程110千米的RVV-SD以及射程200千米的RVV-BD。而更新型的一批空战武器还将在今后几年陆续问世。
“产品180”与“产品180-PD”
“产品180”是应俄军需求研制的R-77大改型，目标是全面超越美制AIM-120C7并与AIM-120D相当，其采用工作时间长达100秒的双推力火箭发动机、主被动复合式导引头、双向数据链、舍弃网翼设计而改用电动马达驱动的传统弹翼以追求高速性能，其最大射程约140千米，2010年左右问世，2011年中开始测试。
“产品180-PD”是R-77家族中采用冲压发动机的大改型，最大射程预计为250千米，可能于2012或2013年问世。这种导弹的射程已超过RVV-BD，而根据早期资料，其发射重量仅250千克，比RVV-BD轻得多。
“产品300”短程空空导弹
另一种更具威力的短程空空导弹为全新研制的K-MD，又叫“产品300”，其采用低阻气动布局、燃气舵矢量推力设计以及工作时长100秒的双推力火箭发动机，并配有俄罗斯第一种热成像空空导弹导引头，能识别目标影像之外，还有2倍于R-73的目标锁定距离，并配有能依据目标特性而改变爆炸方式的自适应战斗部。除此之外，K-MD还能用于拦截来袭的空空导弹，成为战机自卫系统的一部份。
“产品810”超远程空空导弹
“产品810”是米格-31所使用的R-33的大改型，用以打击300～400千米外的空中目标，lrbis-E或AFAR-X雷达的探测能力与AFAR-L、4283E的高精确远程识别波束均能支持这种超远程火控。“产品810”采用便于内置挂载的气动外形、双推力火箭发动机、工作时长360秒的电源、双向数据链、主被动复合制导导引头并可能添加了半主动制导模式、可依据目标种类改变爆炸方式（窄环、宽环、定向三种模式）的自适应战斗部。该弹将能打击高度40千米以下的目标。
新型空空导弹导引头
研制各种空空导弹导引头的Agat-MRI（“玛瑙”研究院）曾在莫斯科航展上展示了9B-1103M-200PS主动一被动复合导引头与9B-1103M-200PA主动一半主动复合导引头两种新品，两者皆用于延长导弹的射程。展出的样品都是可用于RVV-AE系列（R-77）的200毫米口径，长38厘米，重量皆为25千克（相比之下，9B-1348E为16千克，9B-1103M-200系列不到10千克，即使是口径350毫米的9B-1103M-350也只有13千克）。上述导引头可打击目标的速度范围是马赫数O.l～5，准备时间5～8秒（无热机）或1秒（热机后）。
9B-1103M-200PS主动一被动复合导引头
9B-1103M-200PS是在主动天线外围绕一圈圆形天线供被动模式使用。这种设计使得在相同总口径下，主动天线的口径小于全主动及主动一半主动复合版本，锁定距离也较小。据稍早公布的数据，其对RCS-5平方米目标的锁定距离约15千米，比全主动版的25千米小得多。但被动模式使其能追踪敌方飞机的辐射源，从而大幅增加射程，Agat-MRI的技术人员表示这种导引头可支持数百千米的射程。以稍早用于R-27P/EP反辐射导弹的98-1032被动导引头为例，其能锁定200千米外的辐射源。而主动模式使得即使到最后阶段敌方关闭雷达，导弹也能自行锁定目标。
9B-1103M-200PA主动一半主动复合导引头
9B-1103M-200PA是在9B-1103M-200主动雷达导引头的天线上附加一组用于半主动模式的天线，半主动模式得益于战机雷达的高功率而能延长射程。这种设计最早用于R-37的98-1388导引头，其在最初使用惯导 无线电指令较正，在达到无线电指令校正的极限（约100千米）后转入半主动模式，待进入最后阶段开启主动雷达。在98-1388的年代主动雷达锁定距离仍不足以支持300千米射程的导弹，在使用这种设计后R-33的改进型“产品610”于1994年的试验中命中300千米外目标。半主动模式的优势不难理解：高功率的主雷达波束打到目标后给飞在途中的导弹接收即可，锁定距离得以延长。在场技术人员指出，这种导引头可支持100千米以上的射程。 值得注意的是，半主动模式可能提升对低可视度与隐身目标的打击效果。以苏-35BM为例，其对RCS=O.01平方米目标的探测距离可达90千米，但R-77的9B-1348E与9B-1103M-200此时的锁定距离只有3～5千米。添加半主动模式后等于借用战机雷达的高功率来提升导弹的锁定距离，这在面对未来满天飞的低可视度与隐身目标时将十分有利。半主动模式的缺点是战机必须提供雷达照射，因此战机若做了过度机动则有可能导致目标超出雷达视野而使制导失效。不过对于苏-35BM而言，由于雷达拥有±120度视野，因此非常容易在进行战术动作的同时维持对目标的照射，这等于确保了半主动模式在实战状况下的有效性。此外，虽然就最大操作距离而言主动一半主动版逊于主动一被动版，但前者不要求敌方开启雷达，等于是全程自主。
9B-1103M-150毫米波雷达导引头
9B-1103M-150是公开多年的口径150毫米主动雷达导引头，能用于R-73大小的短程空空导弹。该导引头重8千克，对RCS-5平方米目标的锁定距离为13千米。MAKS 2011上首次卸下天线的屏蔽并进一步公开了其操作波段为8毫米的毫米波（Ka）。这样由其波长一口径比可推测其精度高于9B-1103M-200系列。更值得注意的是，该弹操作波段约在30GHz.而绝大多数战机的雷达预警接收器警戒上限只有18GHz。换言之，除了警戒频率上扩至40GHz的少数最先进战机或改进型之外，对绝大多数战机而言9B-1103M-150是无线电静默的。需注意的是，这些展品只是展示“已经能做到什么程度”而不是”只能这样做”，9B-1103M-150的问世表示已经可以做出150毫米口径、8千克重的毫米波（Ka）寻的器，未来或许可以放大，做成中距弹寻的器。
对地与反舰
在对地与反舰武器方面，目前确定T-50能够内挂Kh-58UShKE反辐射导弹、Kh-38ME家族导弹、250千克炸弹。据分析，其还可携带Kh-35UE反舰导弹以及针对弹舱设计的500千克级炸弹。
Kh-58UShKE反辐射导弹最大射程高达245千米（依发射初速与高度而定），在许多防空导弹的射程之外，并拥有4200千米/时的最大速度，超过许多中短程防空导弹的拦截目标速度上限，因此可算是一种不对称武器。Kh-35UE亚声速反舰导弹拥有260千米的最大射程。Kh-38ME是一个用于取代Kh-25与Kh-29等射程40千米以下导弹的家族，射程3～40千米，有激光、卫星、热成像、雷达制导等四类衍生型，其弹头重量比达48%，是其相对于一般对地攻击导弹的最大优势。T-50的每个主弹舱估计可并挂2枚上述武器。
至于另几款威力强大的俄制导弹，如3M-14AE对地巡航导弹、3M-54AE末端超声速反舰导弹、Kh-59MK反舰导弹、Kh-59MK2（光学地图比对）、Kh-59ME（电视制导）、Kh-59ME2（热成像制导）对地巡航导弹则因尺寸超过T-50武器舱而无法内挂。Kh-31系列反舰/反辐射导弹的尺寸接近T-50弹舱的极限，无法确定是否能不经修改便直接使用。即便能挂载Kh-31系列，其较大的弹径也将使主弹舱最多只能并列挂载2枚。
早期有数据显示，T-50能内挂500千克级炸弹。不过根据战术导弹公司总经理的说法，只能确定T-50能内挂250千克炸弹。如果不能携带500千克级炸弹，那么刚推出的俄版JDAM与JSOW这类相对低成本的武器便无法用于T-50，使T-50处于相对弱势。
未来展望
T-50的武器系统第一阶段研制任务到2014年已结束，2015年则开始第二阶段的武器研制任务，由此可见目前已知的武器还只是一小部分。空空导弹的研制进度大至已知，而从前文分析可知，T-50在对面攻击武器方面仍有缺憾，因此许多新的武器可能会关系到对地/对海攻击能力。笔者推测将有以下几个发展趋势：
1）以Kh-35UE为基础的一系列攻击武器：Kh-35LE的射程仅略逊于Kh-59MK.又几乎符合内挂要求。因此应可以其为基础发展出类似Kh-59MK2的对地攻击巡航导弹。这样便相当于内挂了Kh-59MK与Kh-59MK2：
2）内置超声速反舰导弹：目前已知的超声速反舰导弹中，唯一勉强能塞入T-50弹舱的是基本型Kh-31A，不过其射程仅50～70千米。因此，射程足够又可内置的超声速反舰导弹可能将会是俄罗斯未来的一个发展方向：
3）可内挂的JDAM与JSOW等级武器：JDAM与JSOW相当于带有滑翔能力与制导能力的炸弹，具有成本低优势，特别适合攻击固定目标。目前已知的弹种是FAB-500M62-MPK和PBK-500U，都是500千克级武器，尺寸不小，还不确定能否用于T-50。其中，FAB-500M63-MPK的滑翔与制导套件可用于250千克炸弹，因此“俄版内挂JDAM”基本上无问题，但“俄版内挂JSOW”可能就要依靠新弹种：
4）全新的弹种：目前已知的可内挂武器都不超过4 2米，而T-50弹舱确有4.7～4.9米长，因此未来可能出现针对T-50弹舱设计的武器，如类似美版JSOW那样的方形武器。此外，由于T-50允许内挂比Kh-35UE更长的武器，因此以Kh-35UE为比较基准可以预测，未来可能出现射程比Kh-35UE更远，弹头威力更大的弹种，可能是射程300千米级的对地巡航导弹之类。
武器舱设计与配弹量估计
庞大的内置弹舱
俄罗斯至今研制了两种通用内挂架：悬挂能力700千克的UVKU-50U（自重200千克）与悬挂能力300千克的UVKU-50L（自重100千克），通用内挂架的出现化解了以往导弹常需使用自己的挂架而造成的麻烦。近年航空展上，俄罗斯导弹厂商推出了多种采用折叠弹翼设计的大型导弹如Kh-58UShKE反辐射导弹等，早已透露出四代机内挂大型武器的意图。而这也反应出其弹舱深度至少能容纳上述大型导弹，因此部分想象图认为其仅具有携带空空导弹的深度是不正确的。
2009年底，有俄罗斯媒体指出，T-50可内挂超过2000千克的武器，外挂武器则约6000千克。2011年，印度HAL公司在官网发布FGFA（以PAK-FA为基础发展的印度版双座四代战机）诸元，其内挂武器2.25吨，外挂5.75吨。FGFA比T-50略大略重，因此两者的数据不会完全一样，只是这两者数据极为接近，因此印度的数据很有参考价值。然而，MAKS 2011期间战术导弹公司（TMC）的影片上出现了T-50内挂4枚Kh-58UShKE的画面，这相当于2600千克的内挂量。
【注6】：事实上，官方并未正式公布T-50的弹舱布局，许多资料也忽略了这两个“小鼓包”，即使注意到“小鼓包”的作者也仅保守地认为其可能是电子战舱或侧视雷达等。然而，由原型机的颜色分布可发现，“小鼓包”的前后端为金属制，侧面为与其他蒙皮一样的复合材料制造。因此作为电子战系统，其前方视野被金属遮蔽，很不合理。而作为侧视雷达，其半数视野被主翼遮蔽，也不可能。此外，照片显示“小鼓包”的复合材料部分与机身密闭程度不高，应为可开启舱门。加上在原型机公布前，已有俄罗斯媒体批露T-50在两个主弹舱外还有两个小弹舱，以及拥有1 2枚空空导弹的惊人内挂量。因此，两个“小鼓包”应为小弹舱无误。
弹舱尺寸估计
尺寸
依据照片推断，T-50的主弹舱长约4.7～4.9米，宽约1.16～1.2米。这种长度能容纳除了Kh-59系列、Kh-31、KS-172以外的所有俄制空射武器。RW-BD远程空空导弹是已确定可内挂的武器中收纳尺寸最大的，其主翼展0.7米，控制面翼展1.02米。MAKS 2011上展出的样弹只有上半部控制面采用了折叠设计，其折叠后与主翼同宽。虽然R-33E为了适应米格-31的半埋式挂架也采用了这种设计，但RVV-BD的尾舵、翼面与R-33E不同，因此不可能是借用R-33E的零件来制作样弹模型，而应是原本就这样设计。从这里可以推测T-50的弹舱内也采用了半埋式设计来节省空间，在这种情况下扣除埋进去的弹翼，所需的弹舱深度为0.55米。
不过在上述配置下，2枚并列的RVV-BD会用去1.44米的宽度，这略超过了目前估计的弹舱宽度（1.2米）。因此，有可能弹舱实际上宽度超过1.44米，也可能两枚RVV-BD稍为前后错位，避开尾舵的交会，这样主弹舱仍可挂载2枚（RVV-BD长度不到4.2米，尾舵弦长也远不及0.5米，因此前后错位后的总长度仍不会超过4.7米）。
如果假设以后RVV-BD会将所有尾舵都折叠，则其折叠翼展略大于0.7米，约是0.5×0.5米的面积，由此可见T-50的弹舱深度至少为0.5米，由机鼻尺寸与机腹的对比也可推估，弹舱深度至少达到0.5米。至此，由照片与可携带的导弹之尺寸“交叉会诊”可估计出.T-50的主弹舱尺寸约为长4.7～4.9米，宽1.16～1.2米，深度0.5～0.55米，并且具有半埋式构造。
很可能配挂Kh-35UE
另一方面，目前已知的俄制反舰导弹中.Kh-31A与Kh-31AD因为至少长4 9米，内挂可能不高，Kh-35系列则是最有希望实现内挂的反舰导弹。基本型Kh-35E内挂不存在问题，但其射程仅约130千米，将使T-50在隐身模式出击时失去俄系反舰导弹长射程的优势。不过，在莫斯科航展上公开的Kh-35UE射程激增至260千米，仅略逊于Kh-59MK.在T-50隐身性能的加持下，对敌造成的威胁自然超越苏-35BM所携带的Kh-59MK。Kh-35UE折叠弹翼后翼展约0.65米，即横向尺寸约0.46米，但其发动机略为下移，因此收纳时垂直尺寸较大，约0.55米。如果考虑T-50的弹舱应有半埋设计，那么挂载Kh-35UE需要的深度略小于RVV-BD，因此应该可以配挂。
挂载点布置
若单纯从弹舱尺寸来看，主弹舱内能并列挂载2枚翼展较大的RW-BD与KH-35E（甚至有可能是Kh-35UE）。若是折叠翼展约0.5m的导弹，则可并列约3枚。而对于R-77、Kh-58UShKE这类折叠翼展约0.4米的导弹，几乎可并列4枚。
战术导弹公司在莫斯科航展上播放的影片中，出现了T-50前后主弹舱各并列2枚Kh-58UShKE的画面，从中可观察出弹舱剩余的空间很大，宽度其实大约可以并列挂载3～4枚Kh-58UShKE，这与本文推侧的宽度（约4枚Kh-58UShKE）相符。
由于确定弹舱最多只能并列挂载2枚RVV-BD，加上影片画面显示只并列2枚Kh-58UShKE，可推测弹舱的上壁只有2个可挂重型武器的主要挂点，而不是可视弹种的不同可更换为3个。这是很合理的，因为如果要设计成可视弹种的需要而有时候并列2枚，有时候并列3枚，那么弹舱上壁就必须有5个可挂重武器的承力点，操作时又要视弹种不同而更换挂架位置，这样显然过于复杂。 笔者推测，T-50主弹舱内的2个主承力点用于挂载500千克以上的重型武器，而对于轻型武器，可能在其他地方设置有轻型挂架的位置，或是在主承力点接上多用途挂架，以增加载弹数量。
备弹数量估计
至此，T-50每个主弹舱可并列挂载2枚500千克以上的空地导弹、远程空空导弹等重型武器。以其中发射重量较大的Kh-58UShKE（650千克）计算，内挂武器重量至少不低于2600千克。至于中短程空空导弹如RVV-SD等，以T-50硕大的弹舱，如果每个弹舱只能挂2枚中距空空导弹，那显然是不符合逻辑的。
空空导弹内挂数量上限估计
0.5～0.55米左右的弹舱深度几乎足以叠放两层（即8枚）R-77，当然实际上叠放两层导弹会有难以投放与悬挂的问题，但若采用“上四下三”法配置则可解决此问题，换言之每个主弹舱可望携带7枚翼展小于R-77（约0.4米）的空空导弹，部分网络流传的线图也如此推敲。若保守一点估计，T-50也可采用“上三下二”的方式配置，则主弹舱可携带5枚上述类型的导弹。
这是仅就空间大小来考虑，可视为载弹数的理想上限值。如果弹舱内除了2个主承力点外，还有其他地方可扩充小型挂架，那么这里推侧的挂弹数量就有可能成立。
空空导弹内挂数量下限估计
2个主承力点的间距约是弹舱宽度之半，也约是2枚R-77、RVV-SD的并列宽度。因此如果在主弹舱正中间安装额外的1个挂架，便可并列挂载3枚中距空空导弹。这样一来，2个主弹舱可挂6枚中距导弹，外加小弹舱的2枚短程空空导弹，共计8枚，与F-22相同，也与许多数据吻合。这种配置最简单，不过浪费很多主弹舱空间，只能当作下限值参考。
如果使用复合挂架
假设主承力点通过复合挂架来挂载空空导弹，那么最简单的假设是每个复合挂架可挂2枚中距空空导弹，这时以1.16～1.2米的宽度勉强可以在同一水平面上并列挂载4枚R-77、RVV-SD导弹。
实际上，在同一水平面上并列挂载4枚R-77有点勉强，特别是新的RVV-SD又稍微扩大了弹翼。不过可采用以下两种方式解决：
1）2枚中距空空导弹前后错开，避开主弹翼的接触，那么便能稍微缩小横向尺寸，纵向长度则增至约4 7米，约是主弹舱长度的估计值。在这种配置下，每个弹舱同一水平面便可有4枚中距空空导弹，整架T-50加起来便有10枚内置空空导弹。事实上，目前公开的内挂弹种没有一种超过4.2米，因此4.7～4.9米长的主弹舱若不是针对不知名的新型弹种所设计，就是已经考虑到以前后错排的方式挂载空空导弹：
2）2枚中距空空导弹上下错开，此时导弹不会在同一水平面上，每个主弹舱可携带4枚中距弹：
3）如果在弹舱正中间再附加1个挂架，那么每个主弹舱便可容纳5枚中距弹，总内挂弹数便达到12枚。需注意的是，的确也有报导显示空空导弹的内挂总数为12枚。
至此，T-50的空空导弹内挂数量至少为8枚（6中2短），并且有希望增至10～12枚。在这些情况下，内置武器的总重不超过2300千克。极限是14枚，但不论就空间还是重量来说，可能性都很低。
与苏-35BM的火力比较
隐身模式的T-50
若比照苏-35BM的“攻击与空战兼备”的武器配置，T-50可携带2枚重型武器，外加2枚短程空空导弹与3～5枚中距空空导弹，总数7～9枚，仅有苏-35BM的50%～64%。因此，若单单考虑内挂武器，则T-50的火力可能逊于苏-35BM.因为苏-35BM在携带4枚重型武器的同时还带有8～10枚空战武器，而其重型武器的射程与威力也超过T-50所能内挂者。不过，T-50的隐身性能所带来的奇袭性能能够略微补偿武器射程与弹药威力的不足。
外挂武器的T-50
不过需要考虑到，由于俄罗斯拥有多种射程300千米级的远程武器，射程在敌方防区甚至探测距离之外，因此外挂这些导弹时虽然会破坏隐身性，但对生存性的影响较小，特别是T-50的生存性高低并非完全取决于隐身性能，故T-50采用外挂的可行性也比F-22与F-35高（F-22与F-35需在空优较无顾虑的情况下才能外挂武器出战）。如果考虑外挂，则以T-50的主翼尺寸观之，应可多出4个外挂点，而根据报导，外挂武器总重可达6000千克以上，这样便可挂载2枚3M-54AE以及“宝石”空舰导弹，或4枚其他任意类型的重型武器，这已与苏-35BM相同。
因此在允许外挂武器的情况下，T-50可携带4枚重型武器，外加8～12枚空战武器，此时其火力便超过苏-35BM。由于俄远程导弹200～300千米的射程几乎总是在敌方防区外，且往往具有极难反制的特点【注7】，从而使非隐身战机如苏-35BM也能在几乎不受威胁的情况下发射导弹，进而对敌方构成类似于隐身战机所带来的不对称冲击，若与具备隐身性的T-50搭配则冲击力更加强大。远程武器发射完后，T-50便成为货真价实的“空优战机”而能为后续战机提供空优掩护，如此一来整个攻击机队的生存性大为提高，还能减少攻击机队与护航机队搭配的麻烦。
【注7】：例如射程300～400千米的超远程空空导弹如果在100千米处发动攻击则敌机不但射程不足以还击且几乎无法逃逸。又例如Kh-58UShKE的最大速度为4200千米/时，已超过多数中短程防空导弹的拦截速度上限。
种类繁多的武器系统
空空导弹
T-50的空空导弹包括R-77家族中距空空导弹、RW-MD短程空空导弹、“产品760”（R-73改型）或全新的“产品300"短程空空导弹、RVV-BD远程空空导弹，以及“产品810”超远程空空导弹。
R-77（RVV-AE）与RVV-SD
现成的R-77（RVV-AE）家族有最大射程80千米的标准型与110千米的RVV-SD（R-77新改型）。 RVV-MD与“产品760”
俄罗斯至今已公布的最新型短程空空导弹是RVV-MD，为R-73家族的最新改型，其尺寸与重量与基本型几乎相同，采用抗干扰能力更好的双波段导引头，射程增至40千米。不过，其翼展达0.5米，相当于折叠后的重型武器，甚至超过R-77、RVV-SD的折叠后翼展，因此不确定小弹舱内能否携带。
T-50最可能采用的短程空空导弹是即将完成的“产品760”，其为R-73的增程改型，弹长略增至3 1米，翼展缩至0.404米，更利于内置挂载。该弹将增设类似中距空空导弹的中继数据链制导与发射后锁定功能。“产品760”的重量与尺寸皆与法制“米卡”导弹相当，因此其射程应超过RVV-MD的40千米而接近“米卡”的50～60千米。
RVV-BD远程空空导弹
RVV-BD远程空空导弹是供外销型战机使用的远程空空导弹，其外形与米格-31所用的R-33E基本相同，但配备了双推力火箭发动机，射程由120千米增至200千米，可打击高度15米～25千米的目标，目标最大过载值由R-33E的4提升至8。该弹长4.06米，弹径0.38米，主翼展0.72米，控制面翼展1.02米，折叠后与主翼大致齐平（不过展出的样弹与R-33E一样只有两个控制面采用折叠设计），弹头60千克，发射重量510千克。俄新社引述战术导弹公司（TMC）总经理暨总设计师鲍里斯·阿布诺索夫的话说“这是独一无二的200千米射程的导弹，这样的东西我不知道还谁有，欧洲人没有，美国人也没有。”他并表示，该导弹于2011年进入了试生产阶段，2012年实现量产。
至此，T-50初始阶段的空战武器将有射程40千米以上的短程空空导弹、射程110千米的RVV-SD以及射程200千米的RVV-BD。而更新型的一批空战武器还将在今后几年陆续问世。
“产品180”与“产品180-PD”
“产品180”是应俄军需求研制的R-77大改型，目标是全面超越美制AIM-120C7并与AIM-120D相当，其采用工作时间长达100秒的双推力火箭发动机、主被动复合式导引头、双向数据链、舍弃网翼设计而改用电动马达驱动的传统弹翼以追求高速性能，其最大射程约140千米，2010年左右问世，2011年中开始测试。
“产品180-PD”是R-77家族中采用冲压发动机的大改型，最大射程预计为250千米，可能于2012或2013年问世。这种导弹的射程已超过RVV-BD，而根据早期资料，其发射重量仅250千克，比RVV-BD轻得多。
“产品300”短程空空导弹
另一种更具威力的短程空空导弹为全新研制的K-MD，又叫“产品300”，其采用低阻气动布局、燃气舵矢量推力设计以及工作时长100秒的双推力火箭发动机，并配有俄罗斯第一种热成像空空导弹导引头，能识别目标影像之外，还有2倍于R-73的目标锁定距离，并配有能依据目标特性而改变爆炸方式的自适应战斗部。除此之外，K-MD还能用于拦截来袭的空空导弹，成为战机自卫系统的一部份。
“产品810”超远程空空导弹
“产品810”是米格-31所使用的R-33的大改型，用以打击300～400千米外的空中目标，lrbis-E或AFAR-X雷达的探测能力与AFAR-L、4283E的高精确远程识别波束均能支持这种超远程火控。“产品810”采用便于内置挂载的气动外形、双推力火箭发动机、工作时长360秒的电源、双向数据链、主被动复合制导导引头并可能添加了半主动制导模式、可依据目标种类改变爆炸方式（窄环、宽环、定向三种模式）的自适应战斗部。该弹将能打击高度40千米以下的目标。
新型空空导弹导引头
研制各种空空导弹导引头的Agat-MRI（“玛瑙”研究院）曾在莫斯科航展上展示了9B-1103M-200PS主动一被动复合导引头与9B-1103M-200PA主动一半主动复合导引头两种新品，两者皆用于延长导弹的射程。展出的样品都是可用于RVV-AE系列（R-77）的200毫米口径，长38厘米，重量皆为25千克（相比之下，9B-1348E为16千克，9B-1103M-200系列不到10千克，即使是口径350毫米的9B-1103M-350也只有13千克）。上述导引头可打击目标的速度范围是马赫数O.l～5，准备时间5～8秒（无热机）或1秒（热机后）。
9B-1103M-200PS主动一被动复合导引头
9B-1103M-200PS是在主动天线外围绕一圈圆形天线供被动模式使用。这种设计使得在相同总口径下，主动天线的口径小于全主动及主动一半主动复合版本，锁定距离也较小。据稍早公布的数据，其对RCS-5平方米目标的锁定距离约15千米，比全主动版的25千米小得多。但被动模式使其能追踪敌方飞机的辐射源，从而大幅增加射程，Agat-MRI的技术人员表示这种导引头可支持数百千米的射程。以稍早用于R-27P/EP反辐射导弹的98-1032被动导引头为例，其能锁定200千米外的辐射源。而主动模式使得即使到最后阶段敌方关闭雷达，导弹也能自行锁定目标。
9B-1103M-200PA主动一半主动复合导引头
9B-1103M-200PA是在9B-1103M-200主动雷达导引头的天线上附加一组用于半主动模式的天线，半主动模式得益于战机雷达的高功率而能延长射程。这种设计最早用于R-37的98-1388导引头，其在最初使用惯导 无线电指令较正，在达到无线电指令校正的极限（约100千米）后转入半主动模式，待进入最后阶段开启主动雷达。在98-1388的年代主动雷达锁定距离仍不足以支持300千米射程的导弹，在使用这种设计后R-33的改进型“产品610”于1994年的试验中命中300千米外目标。半主动模式的优势不难理解：高功率的主雷达波束打到目标后给飞在途中的导弹接收即可，锁定距离得以延长。在场技术人员指出，这种导引头可支持100千米以上的射程。 值得注意的是，半主动模式可能提升对低可视度与隐身目标的打击效果。以苏-35BM为例，其对RCS=O.01平方米目标的探测距离可达90千米，但R-77的9B-1348E与9B-1103M-200此时的锁定距离只有3～5千米。添加半主动模式后等于借用战机雷达的高功率来提升导弹的锁定距离，这在面对未来满天飞的低可视度与隐身目标时将十分有利。半主动模式的缺点是战机必须提供雷达照射，因此战机若做了过度机动则有可能导致目标超出雷达视野而使制导失效。不过对于苏-35BM而言，由于雷达拥有±120度视野，因此非常容易在进行战术动作的同时维持对目标的照射，这等于确保了半主动模式在实战状况下的有效性。此外，虽然就最大操作距离而言主动一半主动版逊于主动一被动版，但前者不要求敌方开启雷达，等于是全程自主。
9B-1103M-150毫米波雷达导引头
9B-1103M-150是公开多年的口径150毫米主动雷达导引头，能用于R-73大小的短程空空导弹。该导引头重8千克，对RCS-5平方米目标的锁定距离为13千米。MAKS 2011上首次卸下天线的屏蔽并进一步公开了其操作波段为8毫米的毫米波（Ka）。这样由其波长一口径比可推测其精度高于9B-1103M-200系列。更值得注意的是，该弹操作波段约在30GHz.而绝大多数战机的雷达预警接收器警戒上限只有18GHz。换言之，除了警戒频率上扩至40GHz的少数最先进战机或改进型之外，对绝大多数战机而言9B-1103M-150是无线电静默的。需注意的是，这些展品只是展示“已经能做到什么程度”而不是”只能这样做”，9B-1103M-150的问世表示已经可以做出150毫米口径、8千克重的毫米波（Ka）寻的器，未来或许可以放大，做成中距弹寻的器。
对地与反舰
在对地与反舰武器方面，目前确定T-50能够内挂Kh-58UShKE反辐射导弹、Kh-38ME家族导弹、250千克炸弹。据分析，其还可携带Kh-35UE反舰导弹以及针对弹舱设计的500千克级炸弹。
Kh-58UShKE反辐射导弹最大射程高达245千米（依发射初速与高度而定），在许多防空导弹的射程之外，并拥有4200千米/时的最大速度，超过许多中短程防空导弹的拦截目标速度上限，因此可算是一种不对称武器。Kh-35UE亚声速反舰导弹拥有260千米的最大射程。Kh-38ME是一个用于取代Kh-25与Kh-29等射程40千米以下导弹的家族，射程3～40千米，有激光、卫星、热成像、雷达制导等四类衍生型，其弹头重量比达48%，是其相对于一般对地攻击导弹的最大优势。T-50的每个主弹舱估计可并挂2枚上述武器。
至于另几款威力强大的俄制导弹，如3M-14AE对地巡航导弹、3M-54AE末端超声速反舰导弹、Kh-59MK反舰导弹、Kh-59MK2（光学地图比对）、Kh-59ME（电视制导）、Kh-59ME2（热成像制导）对地巡航导弹则因尺寸超过T-50武器舱而无法内挂。Kh-31系列反舰/反辐射导弹的尺寸接近T-50弹舱的极限，无法确定是否能不经修改便直接使用。即便能挂载Kh-31系列，其较大的弹径也将使主弹舱最多只能并列挂载2枚。
早期有数据显示，T-50能内挂500千克级炸弹。不过根据战术导弹公司总经理的说法，只能确定T-50能内挂250千克炸弹。如果不能携带500千克级炸弹，那么刚推出的俄版JDAM与JSOW这类相对低成本的武器便无法用于T-50，使T-50处于相对弱势。
未来展望
T-50的武器系统第一阶段研制任务到2014年已结束，2015年则开始第二阶段的武器研制任务，由此可见目前已知的武器还只是一小部分。空空导弹的研制进度大至已知，而从前文分析可知，T-50在对面攻击武器方面仍有缺憾，因此许多新的武器可能会关系到对地/对海攻击能力。笔者推测将有以下几个发展趋势：
1）以Kh-35UE为基础的一系列攻击武器：Kh-35LE的射程仅略逊于Kh-59MK.又几乎符合内挂要求。因此应可以其为基础发展出类似Kh-59MK2的对地攻击巡航导弹。这样便相当于内挂了Kh-59MK与Kh-59MK2：
2）内置超声速反舰导弹：目前已知的超声速反舰导弹中，唯一勉强能塞入T-50弹舱的是基本型Kh-31A，不过其射程仅50～70千米。因此，射程足够又可内置的超声速反舰导弹可能将会是俄罗斯未来的一个发展方向：
3）可内挂的JDAM与JSOW等级武器：JDAM与JSOW相当于带有滑翔能力与制导能力的炸弹，具有成本低优势，特别适合攻击固定目标。目前已知的弹种是FAB-500M62-MPK和PBK-500U，都是500千克级武器，尺寸不小，还不确定能否用于T-50。其中，FAB-500M63-MPK的滑翔与制导套件可用于250千克炸弹，因此“俄版内挂JDAM”基本上无问题，但“俄版内挂JSOW”可能就要依靠新弹种：
4）全新的弹种：目前已知的可内挂武器都不超过4 2米，而T-50弹舱确有4.7～4.9米长，因此未来可能出现针对T-50弹舱设计的武器，如类似美版JSOW那样的方形武器。此外，由于T-50允许内挂比Kh-35UE更长的武器，因此以Kh-35UE为比较基准可以预测，未来可能出现射程比Kh-35UE更远，弹头威力更大的弹种，可能是射程300千米级的对地巡航导弹之类。