【摘 要】
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目的 应用生物信息学方法,对肺结核miRNA表达谱详细分析,筛选出具有差异性的miRNA并对其靶基因进行预测,同时对相应靶基因的生物学功能进行分析.方法 下载GEO数据库肺结核miR
【机 构】
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暨南大学附属顺德医院感染科,广东 佛山 528000
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目的 应用生物信息学方法,对肺结核miRNA表达谱详细分析,筛选出具有差异性的miRNA并对其靶基因进行预测,同时对相应靶基因的生物学功能进行分析.方法 下载GEO数据库肺结核miRNA表达谱芯片数据GSE34608,应用R软件对数据进行处理分析,筛选差异表达miRNA;应用TargetScanHuman网站预测其靶基因;采用FunRich软件进行生物功能富集分析;String、Cytoscape软件则用来构建靶基因的蛋白-蛋白互作网络以及筛选Hub基因,使miRNA-Hub gene网络进一步构建完善.结果 GSE34608芯片数据共筛选出253个差异表达的miRNAs,在肺结核患者外周血中表达上调的201个,下调的52个.预测上调幅度和下调幅度最显著的两个miRNA的靶基因1450个,它们参与了内皮素信号通路,VEGF信号通路,磷脂酰肌醇聚糖1等信号通路等.在PPI网络中,靶基因连通度最高的前十位的Hub基因,如STAT6等.构建的miRNA-Hub gene网络表明大部分hub基因都可能被has-miR-144和hsa-miR-768-3p调控.结论 通过生物信息学方法分析肺结核患者和健康人群外周血的差异表达miRNAs,最终筛选出2个差异显著的miRNA和10个关键的Hub基因,为进一步研究肺结核的分子标志物和机制提供了新的方向和依据.
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