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筹资制度设计是新型农村合作医疗制度有效运行的核心。现行的制度设计虽然引入了政府这个筹资主体 ,但除中央政府外 ,地方政府在这项制度中的出资责任并不明晰 ,社区层面的出资主体在西部地区更是被排除在制度设计之外。因此 ,应根据各出资主体的能力来确立各出资主体的责任 ,强化政府筹资的制度安排 ,增加社区筹资功能 ,使新型农村合作医疗制度运行更趋理性。