“光明之城”泉州，博物馆不仅种类多且极具地方特色。以博物馆为主题，做一场泉州行旅，是了解这座曾经的国际大都会辉煌历史与文化的最好角度。泉州博物馆
　　泉州最大综合博物馆
　　泉州博物馆是一座具有闽南建筑风格的综合性博物馆，是“东亚文化之都”展示中心，也是联合国教科文组织设立的“世界多元文化展示中心”。博物馆占地80余亩，建筑面积1.6万平方米，设有“泉州历史文化”、“泉州南音·戏曲艺术”等陈列馆，还辟有“泉州古代书法”、“泉州民间收藏”等展览馆。
　　走进展厅，“在水一方”高悬醒目，突出泉州的海滨城市之风，沙盘展现了台湾海峡地形地貌的变迁。历史展览馆位于二层，占地面积1500平方米，分“早期开发”、“刺桐崛起”、“东方第一大港”、“泉南雄风”四个部分，详述泉州历史。“泉州南音·戏曲艺术”是泉州地方戏曲的专题展览。泉州素有“戏窝子”之称，地方戏曲包括南音、梨园戏、傀儡戏、高甲戏、掌中木偶戏等，专题展览馆分序厅、“乐史寻踪”、“世界遗产”、“乐坛瑰宝”、“艺术传承”等五大部分，讲述泉州艺术瑰宝。
　　作为地方博物馆，泉州博物馆不仅收藏的实物众多，资料详实，而且布展手段先进，运用现代化的声、光、电技术，让人感受泉州“海上丝绸之路”的古港雄风和历史文化底蕴的厚重。
　　闽台缘博物馆
　　唯一对台专题博物馆
　　高19米、直径2米的九龙柱矗立在景观广场前，一座气势恢宏的博物馆赫然呈现，外观采用“天圆地方”的设计理念，运用闽台两地传统建筑“出砖入石”的特色工艺，红白相间，浑然天成。西湖之畔、清源山下的闽台缘博物馆，初次瞥见，便给人朴实亲切之感。
　　闽台缘博物馆2006年5月正式对外开放，占地154亩，主体建筑面积2万多平方米，是目前大陆唯一一座反映与台湾历史关系的国家级专题博物馆。二楼的《闽台缘》展厅，展示面积3466平方米，展线长达1000米。展厅内的布展，不但有大量的实物、资料，更运用现代化的声、光、电等技术，按照地缘近、血缘亲、商缘广、文缘同、法缘久的闽台独特关系，突出闽台同属中华一统的思想。三楼为《乡土闽台》专题展和临时展览的展厅。《乡土闽台》专题展面积1500平方米，按照“春、夏、秋、冬”四个时节，通过全场景式的陈列手法，展现闽台两地共同的民俗风貌。
　　海外交通史博物馆
　　唯一海外交通史专题博物馆
　　泉州海外交通史博物馆是中国唯一以反映古代海外交通、海上丝绸之路以及由此引发的经济、文化交流为主题的博物馆，堪称中国海洋文明的缩影。该馆分新旧两个馆区。旧馆在开元寺东侧，是古船陈列馆。1991年2月建成的新馆位于东湖之畔，主楼宛如一艘远航归来停靠港湾的双桅帆船，占地面积33000平方米，建筑面积7300平方米。
　　新馆辟有“泉州古船陈列馆”、“泉州与古代海外交通史陈列馆”、“泉州宗教石刻馆”、“中国舟船世界”、“泉州海交民俗文化陈列馆”等固定陈列及2个预约开放展览——“庄亨岱藏品馆”、“泉州海交民俗文化陈列馆”。这些展厅分别陈列许多举世闻名的文物瑰宝，除了一艘国内发现年代最早、体量最大的宋代海船及大量伴随出土物外，还有数十根木、铁、石古代锚具，数百方宋元伊斯兰教、古基督教、印度教石刻，各个时期的外销陶瓷器，160多艘中国历代各水域的代表性船模，以及数量繁多反映海外交通民俗文化的器物。
　　南建筑博物馆
　　闽南传统建筑大观园
　　南音、南戏、南少林、南派工艺和南建筑，共同形成了泉州的“五南文化”。南建筑，是每个到访泉州游客最直观的感受。漫步市区，不经意间就被拉入历史的时光走廊中。泉州的古建分布相当广泛，以“南建筑”为主题的博物馆，便是对这一文化最好的传承和保护。
　　创立于2000年的南建筑博物馆，集闽南建筑之大宗，是目前国内第一家展示地区传统建筑的专业博物馆。博物馆内陈列传统的闽南宗教建筑、家庙民居，有中西合璧的商业建筑、土楼，中原风格的古塔经幢、古桥梁、古庭院园林等，也有传统民居内部结构的梁架、斗拱、神龛、柱珠、匾额门楣、泥塑等，荟萃晋唐以来1700余年的泉州古建筑珍贵史料和实物。主馆布置近千幅泉州历代各种建筑类型结构的图片，以及征集来的约10万件石、木、砖等建筑构件，其中有不同时期石牌坊、各种形制具有历史意义的文物，如石狮、晋太康砖、六朝及唐代古墓砖、防火水缸、宋元明清墓志铭等，堪称闽南传统建筑大观园。