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院级青年基金项目旨在激发青年科技人员的积极性和创新思维,培养青年科技人员独立主持科研项目的能力。文章以新疆农业科学院为例,回顾了“十二五”院级青年基金项目组织管理实践情况以及取得的重要成效,总结经验并梳理存在的问题,从加强院青年基金项目顶层设计、重视项目中后期管理、保证预算执行进度、深化管理模式创新等方面提出了进一步加强院基金项目管理的对策,以期为农业科研单位增强科研项目管理工作的针对性与实效性提供参考。