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采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术（DGGE）对集约化海水网箱养殖川纹笛鲷（Lutjanus sebae）的消化道胃壁、胃内容物、肠壁、肠内容物优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示，川纹笛鲷消化道存在着丰富多样的细菌群落，对DGGE指纹图谱聚类分析表明菌群组成相似度高于55％，其中胃内容物及胃壁细菌组成相似度最高（90％），这可能与摄食饵料在消化道推移有关；而胃壁与肠壁相似度相对最差，可能反应了由于生理环境不同引起的宿主差异性。通过建立川纹笛鲷消化道16S rDNA-DGGE指纹图谱及比较分