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莲花湖浮游植物种类很多，组成复杂，经初步鉴定，2014年共发现浮游植物221个分类单位，分别隶属于8门，11纲，24目，43科，96属，221种；2015年共发现浮游植物224个分类单位，分别隶属于8门，11纲，23目，39科，98属，224种。对莲花湖浮游植物多样性分析显示以标准清洁水平为主。