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抗菌肽（AMP）以其特异性抗菌、抗病毒、抗肿瘤功能及快速、广谱、高效等特点,迅速成为具有重要研究价值的新型生物活性肽。寻找合适方法最大限度提高其活性,降低毒性和成本,是新型抗菌肽药物研发过程中面临的首要问题。应用生物信息学工具对新型抗菌肽进行预测或对天然抗菌肽进行分子设计成为解决这一问题的关键。对生物信息学在抗菌肽预测和优化设计中的最新进展进行综述,以期扩大抗菌肽的来源,提高现有抗菌肽的生物活性。