本文以2009—2015年沪深两市A股主板上市公司为研究样本,按生产要素聚类分析将样本分为技术密集型、资本密集型和劳动密集型三种行业,并通过联立方程组模型和3SLS估计方法研究了创新投入与公司绩效之间相互影响的内生关系,以及公司治理特征对二者的影响。实证结果表明,对于技术密集型行业,创新绩效存在周期效应,公司增加前期创新投入会提升当期企业绩效,当期绩效的提升促使管理层放缓创新步伐,造成未来一期绩效下降,进而再次增加创新投入。与此相反,对于资本密集型行业,创新投入只在当期显著提高绩效,而绩效的提升也会促进未来创新投入的强度。对于劳动密集型行业,创新投入同样依赖于公司前期良好的收益,而创新投入对公司当期和未来的绩效却没有显著影响。同时,高管激励机制中薪酬激励对企业创新投入和公司绩效的关系具有显著的正向调节效应,尤其是技术密集型行业效果明显;而股权激励在全样本和分行业研究中都没有表现出显著的调节效应。本文提出了创新投入与公司绩效之间相互关系的一个新的研究视角,对于上市公司权衡研发支出与公司目标绩效的经营决策以及高管激励机制的设计具有重要价值。