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自主创新示范区建设是"新常态"下增强自主创新能力、实施创新驱动发展的重大战略选择。苏南地区经济社会发展优势明显,建设国家自主创新示范区意义重大。但在经济发展方式、产业发展质态、企业创新能力、区域协同发展、环境资源等方面存在诸多突出难题。通过对这些问题的剖析,提出必须优化区域创新布局、增强创新型园区建设、提升企业创新主体地位、发展创新型产业集群、强化科技人才支撑、深化体制机制改革的对策建议。