【摘 要】
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目的 应用综合生物信息学来识别瘦素调控小鼠胆囊收缩与分泌的关键致病基因并揭示潜在的分子机制.方法 GSE3293的表达谱从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载,该数据包
【机 构】
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内蒙古医科大学研究生学院,呼和浩特,010059内蒙古自治区人民医院肝胆胰脾外科,呼和浩特,010017;内蒙古自治区人民医院临床医学研究中心,呼和浩特,010017;山西省忻州现代医院普外科 034
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目的 应用综合生物信息学来识别瘦素调控小鼠胆囊收缩与分泌的关键致病基因并揭示潜在的分子机制.方法 GSE3293的表达谱从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载,该数据包含8个样品,包括4个瘦素干预小鼠胆囊样品和4个0.9％氯化钠溶液干预小鼠胆囊样品.通过GEO在线GEO2R-TOP250软件或工具分组分析,获得最有价值的250个差异表达基因(DEGs),并通过生物信息学方法对其进行深入分析.通过DAVID在线软件对DEGs进行基因本体论(GO)功能和京都百科全书基因和基因组(KEGG)通路富集分析.由STRING数据库构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.结果 从GSE3293数据集中共鉴定出DEGs 250个,其中197个基因被上调,53个基因被下调.GO分析表明,DEGs的生物学功能主要集中在MHCⅡ类蛋白复合物上、质膜与细胞外区反应.KEGG通路分析显示这些DEGs主要参与肺结核、利什曼病、细胞黏附分子、噬菌体、感染等信号通路.PPI网络显示这些DEGs编码的蛋白质相互作用较强,并筛选出前5对相关性最强的DEGs.结论 利用生物信息学技术对小鼠胆囊DEGs的功能富集及PPI分析,从基因层面预测了胆石症发生的分子机制,但其DEGs的功能尚需要大量临床试验及分子生物学实验来证实.
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