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食品级乳酸菌不仅是食品或消化道中传递异源蛋白质的合适的候选菌，在工业发酵中还可用于生产蛋白质。在过去20多年中，人们设计了许多乳酸菌蛋白质表达和标记系统，这些系统已用在乳酸菌工程菌的细胞内或细胞外生产各种细菌、病毒和真核生物来源的蛋白质。在目的蛋白生产和发酵中，分泌表达由于可持续培养和简化纯化步骤并使目的蛋白与其靶位相互作用而优于细胞质表达。目前只有少数研究报道了目的蛋白在乳酸菌细胞内或分泌表达产量的比较，研究表明分泌表达比细胞质表达更优越。