【摘 要】
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目的在规范化的结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)基因分型的基础上,构建我国31个省(自治区、直辖市)VNTR数据库,每个省优化一套VNTR位点组合,为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据。方法对2007-2008年全国结核病耐药性基线调查的4 116株M
【机 构】
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325035 温州医科大学检验医学院生命科学学院 浙江省模式生物技术与应用重点实验室;101149 北京,首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室,101149 北京市结核病胸部肿瘤研究所北京
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目的在规范化的结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)基因分型的基础上,构建我国31个省(自治区、直辖市)VNTR数据库,每个省优化一套VNTR位点组合,为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据。
方法对2007-2008年全国结核病耐药性基线调查的4 116株MTB15位点VNTR(15-VNTR)基因分型。汉高指数(Hunter-Gaston Index,HGI)分析每个位点的分辨率。依据谱系流行特征,以分辨率高和稳定性强为原则,为各省设计一套VNTR优化组合(12-VNTR、10-VNTR、8-VNTR和5-VNTR),采用HGI和成簇率进行评价。
结果完成了涵盖率为96.36%(3 966/4 116)MTB完整15-VNTR图谱。发现QUB11b、MIRU26等7个高分辨率位点;QUB26、MIRU16、Mtub21、QUB11b在部分地区遗传稳定性差。内蒙古自治区、重庆市、黑龙江省的最优组合为10-VNTR,其他各省的最佳组合为8-VNTR。
结论VNTR数据库的建立将推动全国范围MTB传染源的追踪;各省优化VNTR组合的推出有助于当地结核病疫情的监测和群体遗传学的研究。
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