2010年3～12月在长江镇江段进行4次采样共采集到底栖动物26种,隶属于7科21属,其中水栖寡毛类2科7属12种,多毛类1科1属种,软体动物2科4属4种,水生昆虫2科9属9种。长江镇江段共有4个优势种:厚唇嫩丝蚓(Teneridrilus mastix)、苏氏尾鳃蚓(Branchiura sowerbyi)、多鳃齿吻沙蚕(Nephthys polybranchia)和长足摇蚊(Tanypus sp.)。底栖动物平均栖息密度和生物量分别为74ind./m2和0.2g/m2。各种生境类型中,保护区的底栖动物密度和生物量相对较高,北湖次之,主航道最低。同时存在着季节变动,密度以春夏较高,秋冬较低,生物量以春秋较高,冬夏较低。各季度功能摄食类群密度相对丰度以直接收集者所占比例较高,滤食收集者次之。比较长江下游各江段,底栖动物群落有较大差异:密度最高值出现在扬中段,最低值出现在镇江段;生物量最高值出现在江阴段,最低值出现在镇江段;而种类数在镇江段和扬中段较高,江阴段较低。