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王庆其教授对胃肠病的治疗积累了丰富的临床经验。他提出从体质着手辨治疾病可抓住病变的症结,有助于提高疗效;心理因素是引发胃肠病的重要原因之一,因此临床治疗胃肠痛应心身同治;主张以调节脾胃升降为原则.以辛开苦降为大法治疗胃食管反流病;主张以健脾养胃、养血活血作为治疗萎缩性胃炎之大法:对于一些顽固复杂性胃肠痛证的治疗,提出“顽病不妨治风”的独到见解;治疗胃肠道癌症不论是攻是补,或者攻补兼施,都应以顾护后天脾胃为第一要义。