9月18日，俄罗斯国防部说，以色列战机在9月17日轰炸叙利亚目标期间以俄军机为掩护，由此造成一架俄军机被叙防空系统击落，15名俄罗斯军人遇难，“责任完全在以色列”。俄国防部长绍伊古表示，俄方将保留采取相關回应措施的权利。据俄国防部介绍，直至以色列战机轰炸开始前一分钟，以方才通过军事热线向俄方告知相关行动，此时俄军机已来不及撤出危险区域。
　　9月18日晚，以色列总理办公室发表声明说，内塔尼亚胡当天与俄罗斯总统普京通电话。内塔尼亚胡在通话中对俄罗斯军机上的军人遇难表示惋惜，同时称叙利亚需对俄军机在叙被击落事件负责。内塔尼亚胡在通话中强调了以色列和俄罗斯就在叙利亚的军事行动继续进行协调的重要性。根据俄总统网站发布的公告，普京在通话中说，以色列战机轰炸叙利亚拉塔基亚省目标侵犯了叙利亚主权。而且，以方没有遵守俄以间签署的相互通报危险行为的协议，致使俄军机暴露在叙利亚防空火力的打击范围内。普京要求以色列方面采取措施避免此类事件再次发生。分析人士说，就俄军机被击落一事，普京的表态与俄国防部的强硬表态有所差别，他对内安抚军人家属和民众，对外从俄在叙利亚乃至中东的大局出发，未与以色列硬碰硬。