The GATK joint genotyping workflow is appropriate for calling variants in RNA-seq experiments

来源 :畜牧与生物技术杂志:英文版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：fullsfulls

【摘要】

：

The Genome Analysis Toolkit(GATK) is a popular set of programs for discovering and genotyping variants from next-generation sequencing data.The current GATK rec

【作者】

：

Jean-Simon Brouard Flavio Sche

【机构】

：

SherbrookeResearchandDevelopmentCentre,CenterofGeneticImprovementofLivestock

【出处】

：

畜牧与生物技术杂志:英文版

【发表日期】

：

2019年3期

【关键词】

：

GATK GVCF JOINT GENOTYPING RNA-SEQ SNP

【基金项目】

：

funded by Agri-Food and Agriculture Canada(Project AAFC J0000-75).

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The Genome Analysis Toolkit(GATK) is a popular set of programs for discovering and genotyping variants from next-generation sequencing data.The current GATK recommendation for RNA sequencing(RNA-seq) is to perform variant calling from individual samples,w

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