检察机关对重大单位涉罪案件分案处理的程序安排，对于单位犯罪的有效治理和社会公共利益的适当维护，具有积极的意义。尽管在理论和实践层面面临一些争议，但是分案处理机制的正当性可以从四个方面得到论证：一是从单位责任与个人责任的分离上，强调单位承担的是因管理漏洞和制度隐患而形成的失职责任，这与直接责任人员所承担的刑事责任具有实质性区别；二是从定罪附随后果衡量的角度看，为避免涉案单位受到因定罪所导致的一系列资格剥夺后果，防止利益相关者、政府和国家的利益受到严重损害，有必要对单位启动合规考察程序，避免其承受灾难性的后果；三是对涉案单位采取附条件不起诉的处理方式，是因为这些单位采取了停止犯罪、配合调查和补救挽损等措施，实现了法益修复，减少了犯罪的社会危害后果；四是涉案单位针对犯罪发生的内在结构性成因，作出了堵塞制度漏洞、消除管理隐患、改变商业模式的努力，形成了有效的合规管理体系，可以发挥预防犯罪再次发生的效果。可以说，分案处理的制度设计，是检察机关深化企业合规不起诉改革的必由之路，对其理论根据做出充分的论证，有助于这一制度的健康发展。