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种质资源遗传多样性和群体结构分析是作物种质资源保护和作物遗传育种的前提条件。本研究从96对简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)标记中筛选出42对多态性标记,对不同地理来源的72份木豆(Cajanus cajan)种质资源遗传多样性和群体结构进行了分析。结果表明:42对SSR标记在72份不同木豆种质间共检测到等位基因118个,每个标记可检测到2~5个等位基因,平均2.8个;每个SSR标记的Shannon信息指数和多态性信息含量在0.101~1.469和0.040~0.704,