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采用硅胶柱层析法对菌体内醇溶性红曲黄色素进行分离、纯化，并对纯化后的红曲黄色素结构及纯度进行液相质谱鉴定表征，得到柱层析最佳洗脱条件：洗脱剂配比正己烷：乙酸乙酯（v/v）=1：8，上样量1．5mL，洗脱流速50mL／h。分离纯化所得的红曲色素经液相质谱检测含红斑胺素、红曲素、红斑素三种色素组分，采用相对定量法对分离所得的红曲黄色素组分进行纯度表征，结果显示其纯化保存率达85％。