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以粳型品种台中65及其近等基因F1不育系TISL5为材料，利用STS和SSLP标记对水稻F1花粉不育基因座位S－c进行了精细定位，RG227STS和RM218分别位于S－c的两侧，与S－c的距离分别为0.3cM和4.3cM。通过对40个籼，粳和中间型品系标记基因型的鉴定，分析了分子标记基因型与S-c基因型之间的关系，建立了以PCR为基础的分子标记辅助选择体系。利用RG2272TS和RM218标记对来自TISL5的S-c^i/S-c^i基因型的选择，准确度达100％。