秸秆生物反应堆技术，它与传统的农作物栽培技术有着本质的区别，该技术包括生物反应堆、植物疫苗、设施工艺三大部分，其技术特点是以秸秆替代化肥，以植物疫苗替代农药，通过一定的设施工艺，实施资源利用，生态改良，环境保护，从而实现农作物的高产、优质、无公害有机栽培。
　　 秸秆生物反应堆技术应用过程中，有时因为某些环节被忽视而导致技术应用的不成功。为充分发挥该技术的应用效果，最大限度地实现增产增收，现根据内置反应堆为例说明在生产操作中应注意以下几个问题。
　　
　　一、几种形式应结合使用：
　　
　　根据各种反应堆的特点和实际情况合理选择反应堆类型，做到优势互补，因时制宜、因地制宜、因不同作物品种制宜。蔬菜生产中一般选择行下内置反应堆，也可使行间和外置反应堆做补充。
　　
　　二、应与植物疫苗配合应用：
　　
　　植物疫苗可提高植株抵抗力，具有良好的防治病虫害作用,可有效解决蔬菜重茬造成的死棵烂秧等危害，是实现无公害生产农产品的根本出路。与生物反应堆配合应用，可收到增产增效、事半功倍的显著效果。
　　疫苗使用办法：蔬菜定植时，先将处理好的疫苗与麦麸的混合物一小把，与穴内土壤混合，然后放苗定植。
　　
　　三、应与配套管理相结合：
　　
　　 （1）施肥：新建的棚区，可根据原有地的肥力适量使用底肥，用量一般少于常规用量的50%，但最好不施用鸡粪、猪粪、鸭和人粪尿等非草食动物粪便，研究证实它是传播线虫和其病害主要途径，底肥可用牛、马、羊、驴、兔等吃草的动物粪便和各类饼肥。三年以上的棚区，实际应用中已验证，不用任何粗肥，植株长势也非常好。整个过程中可不施或少施化肥，化肥只用于追肥；
　　 （2）行距与密度：应用反应堆后，作物生长较常规枝叶茂盛，种植密度可以比常规密度要小，如大棚为3.6米开间，4～5行制被普遍认为可采用，大行1.0~1.2米，小行0.6~0.8米，株距可适当缩小。暖冬时可适当稀植，冷冬可适当密植，也可采用先密后稀的原则，灵活掌握；
　　 （3）用药：可以在叶片上喷施防治飞虱、蚜虫等的农药，但绝对不能往根部灌杀虫、杀菌药物；
　　（4）秸秆与菌种的使用：秸秆用量要足，填植物秸秆（玉米秸、麦秸、杂草、食用菌废料等）并压实，先将硬、整的秸秆放于底层，施入整沟1/3的菌种，再填入另一半的秸秆，施入2/3的菌种，内置沟两端秸秆要露出茬头，秸秆充足的话可以行间、行下全进行，菌种用量要足，微生物菌种（菌种可与粉碎的豆饼混匀一起洒）要求均匀地撒在秸秆上；
　　 （6）覆土：接种后开始第1次覆土，覆土厚度3~4厘米，以秸秆不露为准，定植前15天进行第2次覆土，覆土不宜过厚，两次不超过20厘米；
　　 （5）浇水与打孔：覆土完毕，进行大水漫灌，第1次浇水要足，漫灌后将下沉的坑凹填土。定植后千万不能浇大水，要浇小水。打孔不宜过晚，在第1次浇水后第4～5天，打孔按30×20厘米的密度用14#钢筋打孔。