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随着下一代测序技术（Next generation sequencing,NGS）的发展,可以利用高通量测序数据挖掘基因组特异的插入/缺失（In Del）位点,这使In Del分子标记的开发成为可能。本研究利用327份玉米自交系的测序数据,通过全基因组结构变异评估发现分布于10条染色体上的25 847个In Del位点。利用PIC值≥0.30的3 304个位点进行系统发育树构建和群体结构分析,其结果与利用SNP位点分析获得的结果高度一致,说明这些多态性较高的In Del位点可以作为代表性标记用于玉米遗传组