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气候周期性变化以及人类活动共同影响着额尔古纳河流域的生态系统。流域管理的主要任务是减少来自工业和农业方面的环境负面影响。尤其是额尔古纳河—海拉尔河流域内矿业开发（包括矿石和沙金开采）、能源设施和水库设施建设等重大工程对生态系统负面影响较大。在自然和人为压力的共同影响下，水资源（水短缺和水污染）已成为额尔古纳河流域生态系统开发的限制性因素。