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地方合并院校在合并磨合过程中，学术权力、行政权力的结构和协调对研究生教育有关键的影响，存在着学术权力与行政权力界限的模糊、错位及滥施，广大基层教师、员工以及学生的民主监督权力、制衡作用发挥不足的现象。因此，地方合并院校必须创新管理体制，增强学校活力，促进学术繁荣，提高研究生培养的水平，建立面向社会、自主办学、自我发展、自我约束的现代大学管理体制；强化各级学术委员会及管理委员会的作用；实行校务公开，推行高等学校的透明化管理；吸收学校各层次的代表参与学校决策制定，让师生员工参与学校的民主化管理；在研究生教育管