目的：研究黄芩汤对溃疡性结肠炎（UC）模型小鼠的药效，并探究黄芩汤在UC中是否能调节肠道菌群，发挥屏障保护作用。方法：雄性Balb/c小鼠按体重随机分为正常组、模型组、黄芩汤高(20 g·kg-1)、中(10 g·kg-1)、低(5 g·kg-1)剂量组、菌群干扰组、菌群干扰模型组、菌群干扰给药组(HQT，20 g·kg-1)。灌胃抗生素(杆菌肽200 mg·kg-1、万古霉素200 mg·kg-1)8天构建菌群干扰模型，自由饮用3% 葡聚糖硫酸钠（DSS）溶液7 d构建UC模型，黄芩汤给药治疗7 d。实验结束后处死小鼠，取血、结肠及粪便，苏木素-伊红（HE）染色观察结肠病变，酶联免疫吸附（ELISA）法检测血清白细胞介素-4（IL-4）、白细胞介素-6（IL-6）、白细胞介素-10（IL-10）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）含量，实时荧光定量聚合酶链式反应（RT-PCR）及蛋白免疫印迹法（Western blot）检测结肠组织中紧密连接蛋白-1（Claudin-1）、附膜蛋白Muc1、咬合蛋白（Occludin）、闭锁小带蛋白-1（ZO1）表达，提取小鼠粪便DNA进行高通量测序分析。结果：与模型组相比，黄芩汤给药组IL-4、IL-6、TNF-α含量下降（P＜0.05，P＜0.01），IL-10含量上升（P＜0.01），Claudin1、Muc1、Occludin、ZO1表达上升（P＜0.05，P＜0.01）。菌群干扰后，小鼠肠道菌物种多样性及丰度降低，变形菌门（Proteobacteria）增多（P＜0.01），厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）减少（P＜0.01）；DSS诱发UC后，拟杆菌门和柔壁菌门（Tenericutes）减少（P＜0.05）；黄芩汤高中低三个剂量组中拟杆菌门、柔壁菌门增多（P＜0.05，P＜0.01），厚壁菌门减少（P＜0.05），乳酸菌属（Lactobacillus）、毛螺菌属（Lachnospiraceae＿NK4A136＿group）、大肠埃希菌志贺属（Escherichia-Shigella）、螺杆菌（Helicobacter）的丰度与黄芩汤剂量成正比。结论：黄芩汤可以抑制UC小鼠的炎症反应，回调失衡的肠道菌群，修复损伤的肠黏膜屏障。