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黑石顶自然保护区地处南亚热带的北缘,属于低山丘陵区,沟谷切割密度较大.区内出露岩体以花岗岩为主,矿物结晶较粗.气候属湿热型,与周围地区相比,温度呈低谷状而降水则较丰沛.土壤温度为中热型,水分主要为湿润及常湿润型.保护区的地理位置和气候特点决定了本区土壤的基本发育过程为富铁铝过程,区内的代表性典型土壤为富铁土.由于受土壤发育的具体地形部位的影响.区内还分布有雏形上、潜育土和新成土等土壤类型.其中雏形上广泛分布于山丘坡地部位,面积较大.此外,受母岩性质的强烈影响,区内土壤多为粗骨性,含大量的石英砂砾.