电影的开头是一片青青田地，小女孩跟着父亲一脚深一脚浅，走向田地深处已破败的家。小女孩名叫妞妞，她的父亲叫陈军，是纪录片《吾土》的主人公，在镜头下，他们一起度过了非同寻常的五年。
　　画面里的田地位于河北张北县，那是陈军的故乡。初中毕业后，陈军随着农民工进城大潮，背上行囊离开了村庄，去到大城市北京打工。说是北京，其实是京郊一处名为肖家河的村子。陈军在肖家河落脚，以种菜为生，维持着朴实而平静的生活。如果不是遭遇了那场拆迁，他大概会在肖家河一直住下去。
　　拆迁事件肇始于2010年。陈军一家不愿拿着不合理的赔偿款搬走，变成了钉子户；此时陈军老家的农地已被村里承包出去，他没有回头路可走。回不去的故乡，和留不下的城市，是《吾土》的叙事背景。如果说时代是一条大河，陈军一家就是随着波浪起伏的树叶，让人担心，他们是否随时会被吞没。
　　2010年秋天，陈军居住的打工者小区里突然贴出一则告示，要求租地的人马上搬走。到这一年为止，陈军已在他农地旁的小屋里住了十五年。邻居们的境遇也大致相仿，几百户人家多半是从河北老家到北京种菜的农民，在北京生活了十年以上，老家早已凋敝，或是和陈军一样，土地已被承包出去，有家归不得。
　　居住多年的家自然很难割舍，屡次协商无果之后，陈军和村委会之间的冲突开始爆发，凌晨时分被拍窗威胁，住所被断水断电，附近也被人挖了沟渠，行走出入变得艰难。一次菜地被毁的冲突中，陈军拿着DV和站在一旁的挖土工搭话，那是一位从山东农村到北京打工的建筑工人，陈军说“大家都是兄弟”。午餐时分，工人蹲在荒地上吃冷馒头，陈军请他到家里喝口热水，对方只是沉默地摇了摇头。“这些人帮别人建好了房子，自己却不知该往哪里去。”同样不知該往哪里去的陈军，如此评价那个萍水相逢的人。
　　尽管境况艰难，陈军和妻子小凤面对镜头，总是表现出不服输的劲头。他们的手边常摆着关于农业问题的书籍，也走访附近情况相似的家庭，但想来想去，唯一的办法似乎就是“熬”，再难也要熬下去。在小区的其他菜地全部被填平后，陈军的小屋成为最后的孤岛。
　　《吾土》中有一幕黑色幽默的镜头，被断电后的第一个年三十的夜晚，陈军一家人坐在烛光里自娱自乐，陈军突然自告奋勇担任主持人报幕：“下一个节目请欣赏小品《强拆》。”他让妻子扮演自己，自己则演流氓，还没说上两句，一家老小就笑成了一团。
　　2010年最紧张的几次冲突过后，事情意外地进入平静期，村里不再找陈军麻烦，发展商也迟迟不动工。事已至此，陈军开始重建菜地，想办法重新引水，还带着女儿妞妞，重新撒下一颗一颗西红柿、黄瓜、茄子的种子。导演范俭对这家人赞叹不已，“他们身上有强大的生命韧性，他们对人的尊严的坚守，没有任何困难能让他们放弃作为人的尊严和对家庭的珍视”。
　　陈军这片树叶，没有被河水吞没，反而随着河流顺利地漂了下来。在这漂浮的生活中，陈军的女儿妞妞是全家人的定心丸。妞妞在片中只哭过一次，那是她很小的时候。更多时间，她的大眼睛忽闪忽闪，天真的话语常让片里的家人和片外的观众齐声欢笑，在这样一段沉重的故事里，妞妞是其中最明亮的色彩。
　　陈军和小凤的第二个孩子降生在2015年，为了节省生产费用，一家人回到河北乡下等待孩子出生。简陋的产房里，手术台只是一块木板，陈军怀里抱着妞妞，陪在阵痛中的小凤身边。夜已深，熟睡的妞妞搂住爸爸的手渐渐滑落，新生儿还未到来，陈军用谈不上舒服的半蹲姿势，静静地在台边抱住妻子，一动不动。
　　这种家人的温暖令人动容，有时也观之心酸。带着初生的妹妹回到北京后，导演按惯例给一家六口人拍了一张全家福，妞妞又在拍照时耍宝，引得全家人都笑起来。笑声落幕后，影片的下一个镜头骤然转入字幕，大意是因为妞妞上学问题，陈军一家决定搬离肖家河，没有得到任何赔偿。
　　《吾土》是一个有强烈时代特色的故事，导演的眼光却并未局限在关注压迫和反抗上，而是观察一个家庭在这个时代，会怎样面对如此无解的困境。愤怒和悲悯，大概也不是导演想要的唯一观后感，“我觉得苦难都是人生的一瞬，再怎么样，这也只是人生一个阶段中的一小部分而已。对陈军一家人来说，最激烈的那部分其实只是在2010年。我认为他们从家庭中获得的欢乐是很多很多的，那些冲突放到更长的人生中，其实也只是‘那一年’。我想描述的不只是拆迁这件事，更是他们在各种环境下表现出的家庭的温暖、坚持和希望，这也是我一开始想表达的主题，家庭的安身立命”。
　　导演的上一部纪录片《活着》拍摄了一个在四川大地震中失去孩子的家庭：“从那个时候起我就开始愿意用家庭作为坐标，来观察普通的中国人在社会巨变之下所经历的一切，我比较看重家庭的价值，包括家庭的情感、家人之间的态度对于中国人的影响。”
　　《吾土》的最后，镜头又对准了陈军家乡的农田，乡村的电视和广播，“大力发展城市化”的口号被反复播放。家乡和城市之间，究竟何处是归途，在这个双重失落的语境中，树叶的形象变得格外真实而立体，河流的声音因为太过庞大，反而令人听而不闻。