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利用位于染色体不同位点的多个基因序列进行分析是原核生物分类与系统发育研究的一个热点。本文采用atpD和glnⅡ两个持家基因的部分序列对9株分离自我国合欢、金合欢和银合欢的根瘤菌进行系统发育研究,并与以16SrDNA基因序列构建的系统发育树进行比较。结果表明三者在属水平上基本一致,CCBAU43060、CCBAU61139位于Rhizobium-Agrobacterium系统发育分支内;CCBAU51471、CCBAU35220、CCBAU51276和CCBAU61158属于Mesorhizobium,CC